據《三國志》記載，華佗在獄中受了重刑（拷竟佗），但沒有曹操下令殺華佗的記載。《後漢書》為了證明曹操的"弒殺"，才有殺華佗一說，不知依據何在？可能是依據曹操的一句話：曹衝死後，曹操說"愧殺華佗也"。其實這句話的意思是說，由於自己的過失，導致了華佗的死，這在中原地區是最常見的一種語言表達方式。因此可以斷定：華佗因受刑過重而死，曹操在華佗的死上有重大過失，曹操沒有親自或下令處死華佗，華佗以妻子有病為由，多次拒絕曹操透過各種方式的敦促不歸，是華佗被捕，受刑致死的主要原因。

暫且不說是不是曹操殺了華佗，就說當時曹操對待華佗是仁至義盡的，華佗知恩不圖報，總是要跑，這是曹操後來不高興的原因之一。華佗給關羽刮骨療毒，關羽是胳膊中箭，華佗醫術高明，妙手回春，在當時發明了麻沸散，就是現在的麻藥。可以減輕疼痛感，似乎在當時的醫療條件下把胳膊割開個小口子，取出來箭頭，把傷口沖洗一下，把刀子在火上燒燒進行所謂的消毒後，在傷口裡割掉爛肉，傷及骨頭，順便刀子碰到骨頭上，也是正常的。關羽確實是大丈夫，一邊讀書，一邊療傷。在當時華佗的醫術下，關羽絕對不會有性命之憂。

而曹操的病症是頭疼，根據現在的醫學分析，可能是腦瘤。華佗要用斧子劈開曹操的頭部，檢視具體病因，在當時是不現實的，是拿曹操的性命做實驗。試問在那時的醫療條件，醫術水平，消毒，止疼，神經，止血等等，華佗是不能確保曹操的性命的。何況華佗不是純粹的醫者，他對每一個人的態度是不一樣的。誰也不能保證華佗不會加害曹操。

所以，開始曹操對華佗實心實意，真誠相待，後來有了懷疑，再後來抓捕下獄，絕對不是曹操的不大氣，而是華佗自找的。

就《演義》中的情節而論，曹操殺華佗的根本原因就在於不信任，而這種不信任也不是無中生有，空穴來風的。他的依據主要有以下幾點:1，在當時的歷史舞臺上，曹操扮演的是反面角色，屬奸雄、屬竄臣，是非正義方，因此遭到人們廣泛的痛恨和反對是必然的。正因如此，他會覺得，在暗裡會有許多人想要伸張正義，謀害他也是一定的。在這種情況下，他的警惕性也自然會超乎尋常地高，況且前面還有個醫生吉平在藥裡下毒的事例呢。2，蜀國是魏國的敵對方。前不久，華佗為關羽刮骨療毒的事情，曹操也是有耳聞的，既然華佗這麼賣力地為蜀國舉足輕重的人物關羽療傷，難免不讓人聯想到他的心之所向的問題。3，曹操的毛病是出在腦內，華佗提出的醫治方案又是要開顱，在這種用最新式的方法治最危險的地方，而又沒有信任基礎的情況下，華佗能討到好？所以，總上所述，華佗的結局從根本上來看是信任問題。