一般來說，肛瘻極少會自愈的，如果不積極的治療，可以反覆發作直腸肛管周圍膿腫。肛瘻的治療方法主要有兩種，一種是堵塞法，這種方法在治癒率比較低，約為25%，該方法由於無創傷，無痛苦，適用於單純性肛瘻者。其次，就是手術治療，包括瘻管切開術，掛線療法，肛瘻切除術等。必須正確找到內瘻口，透過手術的方法徹底切除病灶，敞開暴露創面，使其慢慢癒合。

得了肛瘻不手術，會使病情逐漸加重甚或經年未愈，最後可能惡變。因為手術是治癒肛瘻的唯一辦法。

得過肛瘻的患者都有過這樣的經歷：起初認為這種病與痔瘡相似，只要打打針、吃點消炎藥或塗些藥膏即會痊癒。沒想到年復一年，只要身體稍微勞累或排便異常，肛瘻就會再度發作，非常痛苦，到頭來還是需要透過手術解決問題。

術後也一定要做好肛門護理，就是坐姿時讓肛門懸空透氣，便後用水清洗乾淨肛周，燻蒸坐浴保證足夠時間。

做到這些並不容易，醫生一般會讓準備一套電動肛門促愈包，裡面有肛門促愈支撐墊幫助懸空透氣，肛門促愈藥浴盆直接放在馬桶上用坐姿坐浴， 肛門促愈清潔器每次便後水洗。

如果出現便血說明肛門有破潰傷口，便後水洗後還需要用肛門促愈消毒巾擦拭，否則大便殘留的細菌會讓傷口反覆發炎癒合緩慢。

肛門促愈包一般大醫院都有但比較貴，可以在網上買，但要注意鑑別假貨，例如肛門促愈支撐墊醫院用的是4透氣道，開啟外面套子能看到兩個隱藏的透氣道，這樣才能確保傷口透氣，而假的根本沒有透氣道，且正品的內芯是白色的，假貨是材質不明的黑色內芯，很軟，一坐就塌，起不到支撐作用。

還有藥浴盆的導氣管，一定要是透明的輸液管材質，無色無味。肛門促愈藥浴盆一定要選擇透明的，跟注射器一樣的材質。

我科肛瘻患者都會建議做手術治療，極少數患者不肯做手術簽字回家的，過段時間也會過來做手術的。

因為不做手術是不能治癒的，而且很影響生活質量，長期會有肛周分泌物。

低位簡單的肛瘻術後透過抗炎補液，專科換藥，恢復很快的，一旦形成高位複雜性肛瘻的話，恢復時間會延長，對患者的心理和經濟都會造成影響。

以目前的醫療水平來看，肛瘻是一種治療難度極大的疾病，只有介入手術才有一定的希望治癒。肛瘻的性質非常特殊，它是一種管狀結構。僅從截面上看，給患者帶來的身體損傷較小。

這種疾病直接作用於身體內部並聯通外界，造成的創口極長。因此新的鐳射照射療法、冷凍療法都起不到特別明顯的作用。肛瘻建議擇期手術，及時治療，避免病情加重。