從外觀性狀上來看，扁平疣主要有兩種：一種是凸起的類似痘痘的，另外一種是沒有明顯凸起類似色斑狀的。從發病範圍來看，可以分為區域性扁平疣和全身扁平疣。從病根深淺來看，可以分為淺表性扁平疣和深度扁平疣。

對於凸起淺表性扁平疣，如果是極小範圍的少數幾顆且不在面板裸露部位的話，是可以考慮物理治療方法的，比如說：CO2鐳射、液氮冷凍、電灼、光動力治療。這些方法的缺點就是易於復發或出現疤痕，若是操作者的經驗較為豐富的話，就能避免這些問題。

如果是區域性範圍的淺表性扁平疣，最常用的就是區域性外用治療。區域性外用治療的產品在市面上也是最常見的，產品質量和效果層次不齊相差比較大，選擇的時候一定要注意甄別。清芙堂本草淨疣液、維生素A軟膏、清疣洗劑等都是屬於這類產品。很多人對扁平疣的發病機理還不清楚，認為引起扁平疣的病毒是在體內的，這種觀點是錯誤的。引起扁平疣的hpv病毒是存在於皮下的，而不是在體內。所以說區域性外用治療扁平疣的產品是最常見的，也是效果最明顯的。

全身性的深度扁平疣是非常少見的，治療起來也要複雜很多。這裡所說的全身性的只是說多處長扁平疣，這種情況說明患者表皮下多處存在病毒，靠單純的區域性外用產品效果就不會很明顯，需要輔助干擾素、轉移因子、胸腺肽、卡介苗多糖核酸、左旋咪唑等治療。