這是個好問題，病毒有可能貢獻了一部分的人類基因組，例如線粒體基因組可能直接來源於病毒。儘管沒有直接證據（因為這不可能用實驗重現），人的（真核生物）的部分染色體片段可能來源於病毒，比如人基因組中的沉默的轉座子等，甚至有人推測地球真核生物來源於外星生物病毒入侵。一些病毒基因組可以感染並且改變人的基因組，比如HPV,HIV…,一些病毒基因組可以利用人或真核生物基因組進行自我進化，例如流感病毒等。

最近的研究表明，人類基因組上可能有多達8%的DNA片段是來自於病毒。

也就是說，某些病毒早已經把自己的DNA片段整合到人類基因組裡很多年了，這類病毒叫做人內源性逆轉錄病毒（human endogenous retrovirus，HERV）。

逆轉錄病毒入侵人體細胞的手段非常高明，它們會利用逆轉錄酶把人類的染色體切開一個口子，把自己的遺傳資訊“貼上”上去。這和計算機病毒的工作原理高度類似，之後病毒的子子孫孫就隨著人類的繁衍而繁衍。

不過人類基因組是會自然變異的，這些整合到人類基因組上的病毒DNA，也會隨著時間流逝變異，逐漸失去了活性，變成了所謂的“病毒化石”。所以本質上，對人類基因組上病毒遺傳資訊的發掘，可以稱為“病毒考古學”。

不過，最近科學家已經識別了至少兩種整合在人類基因組上的，依然具有完整遺傳活性的病毒遺傳程式碼，其中有一個在人類的性染色體（X）染色體上。

這些病毒對人類的影響目前還不得而知，但有一點比較確定，就是它們不一定只對人類有害，有些甚至可能參與人類生理機能的重要的環節。自然界的萬物，很多都是這樣從互相鬥爭，到互相妥協，甚至互相合作。