孝陵是明太祖朱元璋的陵寢建築，但其地宮的具體位置在哪裡，眾說紛紜，史無定論。加上所謂“朱元璋下葬時曾有13個城門同時出殯”和葬於南京朝天宮、北京萬歲山等民間傳說，因此朱元璋是否真的葬在明孝陵也成為難解之謎。南京文物部自1997年起，經過6年的努力，經精密磁測技術，於日前終於找到了寶城內明孝陵地宮的中心位置，確認朱元璋就葬在獨龍阜下數十米處，而且這座地下宮殿儲存完好，排除了過去流傳的地宮被盜之說。

直到1999年，考古隊在明孝陵金水橋再次進行鑽探時，發現了一口又磚頭砌成的圓形水井，在水井四周發現了磚結構和石構件遺址，有大型柱礎暴露於地表。透過跟已經確定的孝陵別處的磚、石進行對比和比較，研究人員確定該處遺蹟與孝陵屬於同時期的建築。由於該處遺蹟是當時發現的靠近神宮的惟一建築，所以文物工作者猜測該建築很有可能就是神宮監的所在。

於是考古隊找來了研究院的工作人員，採用無破壞性的精密磁測技術，並配合地面調查研究，終於揭開了一個隱藏達600餘年的謎團—一—查明瞭明孝陵地下玄宮的位置，確認朱元璋就葬在獨龍阜下數十米處，而且這座地下宮殿儲存完好，排除了過去流傳的地宮被盜的種種傳說。

朱元璋（1328年—1398年6月24日），即明太祖（1368年—1398年在位），字國瑞， 原名重八，後取名興宗，濠州鍾離人（今安徽鳳陽），明朝開國皇帝。馬皇后死在朱元璋的前面下行葬入，因馬皇后諡號“孝慈高皇后”，以奉行孝治理天下，所以叫“孝陵”。明太祖朱元璋與馬皇后合葬在孝陵。1343年，濠州發生旱災，次年春天又發生了嚴重的蝗災和瘟疫，不到半個月，他的父親，大哥以及母親先後去世。只剩下朱元璋和二哥，家裡又沒錢買棺材，甚至連塊埋葬親人的土地也沒有， 鄰居劉繼祖給了他們一塊墳地。兄弟二人找了幾件破衣服包裹好屍體，將父母安葬在劉家的土地上。為了活命，朱元璋與他的二哥、大嫂和侄兒被迫分開，各自逃生。朱元璋本人也是孝子賢孫，他認為治盛世要重孝道，並且以身作則，從我做起。他教育子女要永遠不要忘記父母的養育之恩，牢記“奉先思孝”，他命人繪《行孝圖》教育子孫，他在太廟祭祖，次次都是痛哭流涕，他經常在夢中與父母相見。傳說大臣們為這座陵起名字，起了很多都沒能夠讓朱元璋滿意。一天中午，他迷迷糊糊的睡著了，他看到父母來到他的面前。心裡非常興奮，高興地說“爹啊，娘啊，我今天當了皇帝了嗎？你們兩個就是太上皇和皇太后了，我給你們修建一座富麗堂皇的祖陵。在也不會讓你們在別人一畝三分地裡看別人的臉色了”朱元璋的父母很是高興，他父親慢慢地說“孩子你有這份孝心，我們可以閉眼了”說完後飄然而去。朱元璋一下子就醒了，才知道剛才見到父母只是做了一個夢。這個時候，有負責修復陵寢的官員來問石碑上刻什麼字。朱元璋說想了一下，回憶著夢中父親的話說道“就叫它孝陵吧，我朱元璋以後一定要“以孝治理天下”。從此，孝陵的名字就這麼來。