最終無機肥和有機肥都是透過離子態進入到植物中被植物利用的。

肥料分為兩種，有機肥和無機肥，化學肥料屬於無機肥，像尿素、磷肥、複合肥等等，這些都是速效肥，經水溶解後以離子態被植物直接吸收使用，所以施肥同時要澆水；

農家肥屬於有機肥，是緩效肥，是糞便、廄肥或農作物秸稈等堆制而成的。要經過堆漚發酵腐熟，經微生物分解成小分子後使用。時間長，肥效慢，有機質含量很高，其中的團粒結構利於土壤的改良。

可以採用有機肥和無機肥同時混合使用，這樣的話前期植物可以利用無機肥養料，後期有機肥發揮肥效，可以保證植物在較長時間養分的供應。

植物吸收的都是離子，所以這兩種肥就植物吸收狀態來說，沒有什麼區別。但是 就兩種肥料來說，農家肥要優於化學肥料。

首先說化學肥料就是透過各種化工過程合成得到的。它養分比較單一，就是你需要啥買啥肥，比如說缺氮買氮肥。這樣就容易造成土壤的養分不平衡，比如說氮肥過多而其他磷鉀肥少，造成植株的缺素症等。其次是它後勁小，但是含量高、肥效快。長期使用化學肥料容易導致土壤板結，增產效果逐漸降低。

從植物生理學與土壤肥料學的角度去分析土壤、化肥、農家肥、作物之間的關係太深奧。

農家肥只能用於小塊地種植一些花卉、蔬菜之類，大面積施用不現實。農家肥的各種營養成分是緩慢的釋放過程。村莊附近的田塊，土壤品質好於遠處的，因為百十年來，先人們施足了農家肥。

農家肥中的礦物質含量雖然少但卻是先天之本，化肥中的礦物質是後天之補。土壤品質好的田塊在糧食的品質、容重上佔優。作物生長只靠氮磷鉀三要素而忽視了微量元素是不可持續的生產方式。

化肥的營養元素也有刺激作物吸收空氣中的氮、二氧化碳的作用（可能空氣中還有其他營養元素）。大家會發現，同等條件下，我們栽種於庭院中的作物沒有野外的茂盛，就是因為空氣流動的慢，吸收空氣中營養元素少。

農作物吸收土壤中的礦物質主要是透過對溶解於水中的礦物離子進行吸收，其吸收礦質元素的實質即溶質的跨膜運轉或跨膜傳遞，也就是說礦物質只有溶解於水才能被植物所吸收利用，所以，植物從化學肥料和農家肥中能夠吸收的都是溶於水的溶質狀態的礦物離子，兩者之間的礦物離子的結構並沒有什麼不同，只是成分及含量的差異。此外，農家肥從長期來看比化學肥料更具有優勢，含有大量的有機質，具有明顯的改土培肥作用。化學肥料只能提供作物無機養分，長期施用會對土壤造成不良影響，有機肥料的肥效期長。化學肥料肥效期短而猛，容易造成養分流失，汙染環境。有機肥料中含有大量的有益微生物，可以縮短土壤中的生物轉化過程，有利於土壤肥力的不斷提高。長期大量施用化學肥料會抑制土壤微生物的活動，導致土壤的自動調節能力下降。