光合細菌的形態微小，比重小，若採用直接潑的方法則不易下沉，無法產生直接的作用。因此，在潑灑其液體制劑時，最好是與沸石粉合劑應酬用，這樣既能將活菌迅速沉降到水底，同時沸石粉也可直到吸附氨的作用。

光合細菌適宜的水溫為15℃～ 40℃，最適宜水溫為28℃～ 36℃，因而，施用時的水溫最好是在20℃以上，陰天勿用。

光合細菌與有機肥或無機肥混合施用效果明顯，並可防止藻類老化而贊成水質下降。

光合細菌的配比

100L光合細菌菌液配置：

0.5kg培養基+80L水+20L菌種（接種）

1.使用量

魚池使用時:用2~5克/立方米的光合細菌拌精細乾肥泥均勻撒入魚池，以後每隔20天左右.用1~2克/立方米光合細菌對水後全池潑灑;

蝦、蟹池使用時:用5~10克/立方米光合細菌拌精細乾肥泥均勻撒入蝦\蟹池，以後每隔20天左右，用2~ 10克/立方米光合細菌對水後全池潑灑;新增在飼料中投餵魚\蝦、蟹時，按1%的比例拌入即可，每隔2~3天投餵1次;用於疾病防治時，可經常使用，魚池施入量為1~2克/立方米，蟹蝦池為5~10克/立方米,方法是對水後全池潑灑。

2.使用時間

使用光合細菌應選擇晴天且水溫在20°C以上，低溫及陰雨天氣時不宜使用。

3.看水質

在肥水時施入光合細菌，這樣可促進有機汙染物轉化，避免有害物質積累，保持池水溶氧,改善養殖環境和增加天然餌料。

當水質消瘦時，則應先施肥培肥水質,然後再施入光合細菌,這樣有利於保持光合細菌在水體中的活力和繁殖優勢，降低使用成本。此外，當池水呈酸性水質時,不利於光合細菌生長，則應先施入生石灰，將pH值調節在7.0-8.0之間，然後再施入光合細菌。

4.施肥同時使用

在池塘施肥時，配合施用光合細菌效果更為明顯，能避免因肥料用量過大導致水質變差的現象,也可防止藻類老化從而影響水質。

1將光合細菌菌液光照10小時以上後再使用。

2.用生石灰將pH值調節為中性或偏鹼程度。

3.靈活掌握投放量和注意使用的連續性。

4.不可與消毒殺菌劑混合使用。

5.光合細菌菌液不能用金屬器皿貯存。