暗部

暗部是暗殺特種作戰部隊的簡稱，由二代火影千手扉間掌控木葉之初建立的。之後其他一些忍者村也有效仿。加入暗部的條件非常苛刻，都是忍村中出類拔萃的優秀忍者，暗部是直接受命於火影的執行秘密任務的組織。

火迷們熟知的暗部成員有:宇智波鼬；宇智波止水；旗木卡卡西；卯月夕顏；月光疾風；大和。

暗部服裝：類似於貓科動物的面具，通常身穿黑色緊身衣 外面穿一件白色揹帶衫 下裝基本與其他忍者無異 有時也會套一件黑色風衣（分隊隊長的風衣是米黃色的）普遍背上配有長刀。

根，又稱“暗部培訓部門”直接隸屬於木葉元老志村團藏的獨立組織，即不受火影的管制，也不受暗部所管轄，制服是白色或黑色披風，相比暗部，其成員的面具更為豐富，大致成員有:佐井；信；油女取信；山中風；寺井。

從疾風傳·卡卡西暗部篇中得知，在九尾事件至宇智波滅族事件期間，該組織的活動相當活躍，在木葉發揮著獨特作用。而且根曾經預謀刺殺三代目，由於卡卡西的反水所以沒有成功，團藏對此耿耿於懷，一心以為三代目搶了他火影的位置。

作為暗部培訓部門，成員實力自然不用多說，區別在於，暗部成員在不執行任務時可以用正常的身份生活，像卯月夕顏和月光疾風就是一對戀人，而根的成員普遍都是從小洗腦，沒有一點個人情感的殺人機器，根之所以能夠建立於二代火影和團藏的鐵血手腕離不開關係，換句話說，團藏的想法與二代目較為接近況且在建立暗部時團藏有些不小的貢獻，所以能得到二代目的默許和支援。但由於三代火影無法容忍志村團藏將人培養成殺人機器的行為，在宇智波滅族事件之後，下令解除團藏“火影輔佐”的職務，並下令“根”解散。

在疾風傳中，該組織再次出現，得到了木葉同為鐵血政策的兩位高階顧問的支援得以繼續重組。團藏還繼任過火影一職。

佐井在剛出場時，稱自己是暗部成員，實為根的成員，有種間諜的感覺，有相似經歷的還有大和 與卡卡西。由此可見，根只是暗部的一個組成部分，類似於忍著學校，給暗部訓練和提供優秀的忍者，但是卻由團藏領導且不受其他任何人的指揮。

根是暗部培訓部門的簡稱，只是暗部的一個部分，不過是受命於志村團藏，大部分都是被洗腦的殺人機器，而暗部成員在不執行任務是可以有自己的私生活根的成員對外聲稱自己是暗部，其實只是安插在暗部和火影身邊的間諜。裝扮上都是面具，長刀，黑色的緊身衣，銀灰色的甲冑，區別在於暗部的面具都是類貓科動物，而根的面具色彩和圖案上更加豐富。

嚴格來講，暗部和根是上下級關係，不過由於志村團藏的野心太大覬覦火影職位，所以本來是一個組織被他弄成暗殺特種作戰部隊中的間諜組織。