1、 糖蛋比不同：
糖蛋白：糖的含量小於蛋白質。
蛋白聚糖：含糖量可高達95%以上，糖量大於蛋白。
2、 本質不同：
糖蛋白：是寡糖鏈的蛋白質。
蛋白聚糖：是糖蛋白的一種。
糖蛋白是含糖的蛋白質，由寡糖鏈與肽鏈中的一定氨基酸殘基以糖苷鍵共價連線而成。其主要生物學功能為細胞或分子的生物識別，如卵子受精時精子需識別卵子細胞膜上相應的糖蛋白。 糖蛋白普遍存在於動物、植物及微生物中，種類繁多，功能廣泛。
氨基聚糖及蛋白聚糖是細胞外基質的重要成分之一。可與細胞外基質中的膠原、 纖粘連蛋白、 層粘連蛋白及彈性蛋白結合，構成具有組織特性的細胞外基質。
一、性質不同
1、糖蛋白：一種含有寡糖鏈的蛋白質，兩者之間以共價鍵相連。
2、蛋白聚糖：一類特殊的糖蛋白，由一條或多條糖胺聚糖和一個核心蛋白共價連結而成。
二、連線方式不同
1、糖蛋白連線方式：
（1）N-糖苷鍵型：寡糖鏈（GlcNAC的β-羥基）與Asn的醯胺基、N-未端的a-氨基、Lys或Arg的W-氨基相連
（2）O-糖苷鍵型：寡糖鏈（GalNAC的α-羥基）與Ser、Thr和羥基賴氨酸、羥脯氨酸的羥基相連。
（3）S-糖苷鍵型：以半胱氨酸為連線點的糖肽鍵。
（4）酯糖苷鍵型：以天冬氨酸、穀氨酸的遊離羧基為連線點。
2、蛋白聚糖連線方式：
（1）GlcUAβ(1→3)Galβ(1→3)Xylβ1-O-Ser，屬O-寡糖鏈；聚糖的二糖單位（己糖醛酸→己糖胺）裝配在它的非還原端GlcUA上。
（2）軟骨可聚蛋白中的連線區是另一形式的O-寡糖鏈。
糖蛋白與蛋白聚糖的區別為：糖蛋比不同、構成不同、作用不同。
一、糖蛋比不同
1、糖蛋白：糖蛋白在大多數情況下，糖的含量小於蛋白質。
2、蛋白聚糖：蛋白聚糖是一類由氨基聚糖和核心蛋白所組成的化合物，其含糖量可高達95%以上，因而化學性質更類似於多糖而不是蛋白質，實際為含蛋白的多糖。
二、構成不同
1、糖蛋白：糖蛋白由分支的寡糖鏈與多肽鏈共價相連所構成。
2、蛋白聚糖：蛋白聚糖由一條或多條糖胺聚糖和一個核心蛋白共價連結而成。
三、作用不同
1、糖蛋白：糖蛋白決定著某種蛋白質是否在血流中存在或被肝臟除去的資訊。形成細胞的糖萼(糖衣)、參與細胞的粘連，這在胚和組織的生長、發育以及分化中起著關鍵性作用。
2、蛋白聚糖：蛋白聚糖是細胞膜、基底膜、特別是細胞外基質的重要組成成份，與組織細胞的結構和功能息息相關。
1、 糖蛋比不同：
糖蛋白：糖的含量小於蛋白質。
蛋白聚糖：含糖量可高達95%以上，糖量大於蛋白。
2、 本質不同：
糖蛋白：是寡糖鏈的蛋白質。
蛋白聚糖：是糖蛋白的一種。
糖蛋白是含糖的蛋白質，由寡糖鏈與肽鏈中的一定氨基酸殘基以糖苷鍵共價連線而成。其主要生物學功能為細胞或分子的生物識別，如卵子受精時精子需識別卵子細胞膜上相應的糖蛋白。 糖蛋白普遍存在於動物、植物及微生物中，種類繁多，功能廣泛。
氨基聚糖及蛋白聚糖是細胞外基質的重要成分之一。可與細胞外基質中的膠原、 纖粘連蛋白、 層粘連蛋白及彈性蛋白結合，構成具有組織特性的細胞外基質。
一、性質不同
1、糖蛋白：一種含有寡糖鏈的蛋白質，兩者之間以共價鍵相連。
2、蛋白聚糖：一類特殊的糖蛋白，由一條或多條糖胺聚糖和一個核心蛋白共價連結而成。
二、連線方式不同
1、糖蛋白連線方式：
（1）N-糖苷鍵型：寡糖鏈（GlcNAC的β-羥基）與Asn的醯胺基、N-未端的a-氨基、Lys或Arg的W-氨基相連
（2）O-糖苷鍵型：寡糖鏈（GalNAC的α-羥基）與Ser、Thr和羥基賴氨酸、羥脯氨酸的羥基相連。
（3）S-糖苷鍵型：以半胱氨酸為連線點的糖肽鍵。
（4）酯糖苷鍵型：以天冬氨酸、穀氨酸的遊離羧基為連線點。
2、蛋白聚糖連線方式：
（1）GlcUAβ(1→3)Galβ(1→3)Xylβ1-O-Ser，屬O-寡糖鏈；聚糖的二糖單位（己糖醛酸→己糖胺）裝配在它的非還原端GlcUA上。
（2）軟骨可聚蛋白中的連線區是另一形式的O-寡糖鏈。
糖蛋白與蛋白聚糖的區別為：糖蛋比不同、構成不同、作用不同。
一、糖蛋比不同
1、糖蛋白：糖蛋白在大多數情況下，糖的含量小於蛋白質。
2、蛋白聚糖：蛋白聚糖是一類由氨基聚糖和核心蛋白所組成的化合物，其含糖量可高達95%以上，因而化學性質更類似於多糖而不是蛋白質，實際為含蛋白的多糖。
二、構成不同
1、糖蛋白：糖蛋白由分支的寡糖鏈與多肽鏈共價相連所構成。
2、蛋白聚糖：蛋白聚糖由一條或多條糖胺聚糖和一個核心蛋白共價連結而成。
三、作用不同
1、糖蛋白：糖蛋白決定著某種蛋白質是否在血流中存在或被肝臟除去的資訊。形成細胞的糖萼(糖衣)、參與細胞的粘連，這在胚和組織的生長、發育以及分化中起著關鍵性作用。
2、蛋白聚糖：蛋白聚糖是細胞膜、基底膜、特別是細胞外基質的重要組成成份，與組織細胞的結構和功能息息相關。