1、細胞壁上的差異原核細胞細胞壁的成分主要是肽聚糖和胞壁酸，還有脂多糖、脂蛋白等成分。細胞壁除對細胞有保護作用外，還對物質交換起部分調節作用，其成分還與抗原性、致病性等方面有關。真核細胞中動物細胞沒有細胞壁，植物細胞的細胞壁成分主要是纖維素和果膠，起支援和保護作用。2、細胞核與染色體水平原核生物的特徵是體積較小，直徑由0.2～10µm，進化地位較原始，現存資料可以證明真核細胞是由原核細胞進化而來。原核細胞與真核細胞最本質的區別就是有沒有成型的細胞核，原核細胞沒有核膜將它的遺傳物質與細胞質分隔開，沒有核膜、沒有核仁、沒有固定形態、結構也較簡單，其遺傳資訊量小，遺傳資訊的載體是裸露的雙鏈環狀DNA分子，沒有與組蛋白結合，不構成染色體(有的原核生物在其主基因組外還有更小的能進出細胞的質粒DNA)。真核細胞具有雙層膜結構的核膜將細胞內部分成細胞核與細胞質兩部分，核膜上有核孔，核內有核仁，其絕大多數遺傳物質就分佈在細胞核內，雙層核膜的出現為遺傳物質結構的演化提供了良好的微環境，使高度複雜的遺傳裝置相對獨立起來，也使基因的表達具有嚴格的區域性。3、細胞器水平細胞器存在於細胞膜以核心膜以外具有一定形態結構功能。原核細胞只具有一種細胞器—­—核糖體。真核細胞除核糖體外，還有具雙層膜結構的細胞器：線粒體、葉綠體（植物細胞）。單層膜結構的細胞器：高爾基體、內質網、溶酶體、液泡（植物細胞）和沒有膜結構的細胞器—中心體，它們分散在細胞質中，每種細胞器都有各自的結構和功能，它們之間協調配合來完成物質的代謝。二者雖然都有核糖體，但核糖體的化學組成和形態結構上有明顯的區別。真核細胞核糖體的沉降係數為80S型，由60S和40S大小兩個亞基組成；原核細胞核糖體的沉降係數為70S型，由50S和30S大小兩個亞基組成。真核細胞中的線粒體有自己特有的基因組，能完成自己DNA的複製及部分蛋白質的合成，其內膜上有與氧化磷酸化相關的電子傳遞鏈，為細胞的代謝活動提供能量。原核細胞功能上與線粒體相當的結構是質膜和由質膜內折形成的結構，但、後者沒有自己特有的基因組。真核細胞的葉綠體也有自己特有的基因組和合成系統。有些原核生物雖然也具有能進行光合作用的膜結構稱之為類囊體，但未被雙層膜包裹，不形成葉綠體。4、基因結構及其表達上的差異基因結構及其表達在原核細胞與真核細胞之間存在明顯的差異。原核細胞DNA含量有限又要保證生命活動必要數量的基因，就必須充分利用僅有的DNA來儲存遺傳資訊，所以其基因簡潔而有效，無多餘序列。當基因表達時，轉錄形成的mRNA直接與核糖體結合開始翻譯蛋白質，即原核細胞是轉錄與翻譯同時進行的。共同點：1、都有細胞的基本結構：細胞膜、細胞質、遺傳物質（一般是DNA,原核僅一條,且成細胞核,真核有細胞核.這是重要區別）2、核糖體：都具有核糖體、但真核細胞有其他細胞器、原核細胞僅有核糖體。