劑量補償效應中X染色體的失活是隨機的劑量補償效應廣泛存在於生物界，其現象複雜,機制各異。而且當兩個X染色體中有一個失活時，也並不是全部基因都失活。例如Xg血型基因和類固醇硫酸酯酶基因雖是X連鎖基因,但並不失活。時下認為失活是從一個失活中心開始的，其位置很可能在 X染色體長臂鄰近著絲粒部位。有袋類動物的雌性個體細胞中，來自雌性親本的X染色體有一個敏感區,它產生少許起控制作用的物質，這物質和同一條 X染色體上的毗鄰的受相結合，能使該條X染色體不發生異固縮,保持不失活狀態。但來源於雄性親本的X染色體的相應部位沒有,因而總是它發生異固縮而失活。有胎盤的哺乳動物和有袋類不同，敏感區不在 X染色體上而是在常染色體上。敏感區產生的控制物質隨機地和雄性或雌性親本來源的 X染色體上的受體結合，使相應的X染色體保持不失活狀態。區別：果蠅的劑量補償效應的機制和哺乳動物不同。雌性果蠅不是透過一個X染色體失活，而是透過兩個X染色體的基因活性都減弱到兩者之和相當於雄性果蠅一個 X染色體的活性來獲得劑量補償效應的,這在雌雄果蠅的X染色體的厚度差別、唾液腺內多線染色體 RNA合成率的測定上都得到證實。對於果蠅的這種劑量補償效應機制有兩種解釋：①在果蠅的 X染色體上有某些不受劑量補償效應影響的基因，稱為補償器，它的產物對大多數 X連鎖基因有抑制作用。雌性果蠅透過兩份補償器的作用而使 X連鎖基因的表型效應相當於只有一份補償器的雄性果蠅；②認為不同性別個體的發育、生長時間和器官的分化時間都有差別，性別分化的生理功能控制著每個個體發育過程中性連鎖基因的表達。關於哺乳動物劑量補償效應的 X染色體失活假設雖然已普遍地為人們所接受，但仍有一些現象人們還不能作出滿意的解釋。例如：①巴氏小體並不是在每一個高度分化的體細胞中都出現；②沒有完全證實雌性個體每一個胚胎細胞的X染色體之一都早期失活；③人類X連鎖基因中，只有少數在女性雜合體中顯示嵌合性，而Xg基因和類固醇硫酸酯酶等基因卻並不失活；④既然人類的X染色體失活是隨機的，為什麼畸變的X染色體的失活不是隨機的等。此外，按照 X染色體失活假設，人的XO和XX女性個體或XY和XXY男性個體應該具有相同的表型,可是實際上XX個體是正常的，而XO個體則是特納氏綜合徵患者；XY個體是正常的，而XXY則是克氏綜合徵患者,這些現象都有待於研究。一般認為劑量補償效應僅發生在性染色體中,但是在常染色體異常的非整倍體或具有某些常染色體片段的個體中，同樣存在劑量補償效應，例如玉米 1號染色體長臂上決定乙醇脫氫酶的基因在 1號三體性和四體性的個體中可表現劑量補償效應。又如果蠅 2號染色體上決定a-磷酸甘油脂脫氫酶的基因也顯示同樣的劑量補償效應。這些現象也有待於深入研究。