一、有利於多種乙肝的鑑別診斷：很多臨床診斷難度較大的慢性肝病，如各型病毒性肝炎、酒精性肝炎、肝結核、肝肉芽腫、血吸蟲病、肝腫瘤、脂肪肝、肝膿腫、原發性膽汁性肝硬變及各種代謝性肝病(肝豆狀核變性、肝糖原累積病、肝臟澱粉樣變性)等，往往需要透過肝穿刺來了解患者的肝臟病變，為明確診斷提供重要的甚至可能是關鍵性的根據。
二、發現早期、靜止或尚在代償期的肝硬化，尤其是肝纖維化：在發病早期，透過血液化驗、B超檢查一般難以發現。但是透過肝穿刺檢查，能夠對肝臟纖維化和早期、靜止或尚在代償期的肝硬化進行明確診斷，並可以鑑別肝硬化臨床型別，區分是酒精性肝硬化，還是肝炎後肝硬化，以及是否伴有活動性肝炎。比如，有些診斷為慢性無症狀肝病病毒攜帶者的患者，透過肝臟穿刺檢查，可發現是活動性肝硬化或慢性活動性肝炎。
三、作為慢性肝炎病情、預後的評判指標：肝穿刺可看見肝組織的病變情況，為病情變化、預後的判斷提供客觀依據。重型乙肝如以肝細胞水腫為主，則病情較輕，預後較好，病亡率較低;如以肝臟細胞壞死為主，且正常肝臟細胞殘存率較低，則病情嚴重，預後較差，病亡率高。
四、瞭解肝臟病變的程度和活動性：肝穿刺活組織檢查是一種能直接瞭解肝組織的病理轉變，並能夠做出較客觀、精確診斷的檢測方法。有不少慢性乙肝患者，感染肝病病毒較長時間，但抽血化驗發現轉氨酶異常可能僅有半年時間，肝病病毒含量水平也不高。這樣的患者透過肝穿刺能發現慢性肝病是否處於活動期，並能推斷其病變的輕重程度。
五、有利於藥物的選擇和藥物的療效判斷：治療前後肝活檢組織病理變化是評判藥物治療效果的可靠指標，為臨床藥物治療提供客觀的評價依據。現在常用的抗肝病病毒的藥物有干擾素與拉米夫定，使用干擾素或拉米夫定進行抗病毒治療，不僅療程長，且價格昂貴。治療前如能進行肝穿刺，根據肝組織炎症活動程度，有選擇性和針對性地使用抗病毒藥物，將明顯提高療效。
六、鑑別黃疸的性質和原因：醫學臨床黃疸往往難以確定病因，可做肝活檢。它能夠確定黃疸是膽紅素代謝障礙，或是肝臟細胞性黃疸，還是膽汁淤積所致，是病毒性還是藥物引起。不同的原因，預後和治療是不盡相同的，只有明確診斷，才能制定準確的診療方案。
七、能夠進行診斷性治療：在B超或CT檢查引導下，有目的性地肝穿刺，可進行肝膿腫穿刺排膿、注射藥物，無水酒精瘤內注射治療肝癌等。在進行穿刺取材、診斷的同時，還能夠進行診斷性治療，做到診斷治療兩不誤。
八、提供各型病毒性肝炎的病原學診斷：根據大多數肝炎病毒是嗜肝病毒，它們往往多在肝組織中寄生。只有血清肝病病毒達到適量時，臨床化驗才能夠檢驗得到。因此現階段仍有些病毒性肝炎，臨床化驗表明血清肝病病毒標誌物全部是陰性，難以確定其病原。但是，透過肝穿刺，用超敏感免疫組織化學和原位分子雜交技術，可檢查出寄生在肝組織中的肝炎病毒。
一、有利於多種乙肝的鑑別診斷：很多臨床診斷難度較大的慢性肝病，如各型病毒性肝炎、酒精性肝炎、肝結核、肝肉芽腫、血吸蟲病、肝腫瘤、脂肪肝、肝膿腫、原發性膽汁性肝硬變及各種代謝性肝病(肝豆狀核變性、肝糖原累積病、肝臟澱粉樣變性)等，往往需要透過肝穿刺來了解患者的肝臟病變，為明確診斷提供重要的甚至可能是關鍵性的根據。
二、發現早期、靜止或尚在代償期的肝硬化，尤其是肝纖維化：在發病早期，透過血液化驗、B超檢查一般難以發現。但是透過肝穿刺檢查，能夠對肝臟纖維化和早期、靜止或尚在代償期的肝硬化進行明確診斷，並可以鑑別肝硬化臨床型別，區分是酒精性肝硬化，還是肝炎後肝硬化，以及是否伴有活動性肝炎。比如，有些診斷為慢性無症狀肝病病毒攜帶者的患者，透過肝臟穿刺檢查，可發現是活動性肝硬化或慢性活動性肝炎。
三、作為慢性肝炎病情、預後的評判指標：肝穿刺可看見肝組織的病變情況，為病情變化、預後的判斷提供客觀依據。重型乙肝如以肝細胞水腫為主，則病情較輕，預後較好，病亡率較低;如以肝臟細胞壞死為主，且正常肝臟細胞殘存率較低，則病情嚴重，預後較差，病亡率高。
四、瞭解肝臟病變的程度和活動性：肝穿刺活組織檢查是一種能直接瞭解肝組織的病理轉變，並能夠做出較客觀、精確診斷的檢測方法。有不少慢性乙肝患者，感染肝病病毒較長時間，但抽血化驗發現轉氨酶異常可能僅有半年時間，肝病病毒含量水平也不高。這樣的患者透過肝穿刺能發現慢性肝病是否處於活動期，並能推斷其病變的輕重程度。
五、有利於藥物的選擇和藥物的療效判斷：治療前後肝活檢組織病理變化是評判藥物治療效果的可靠指標，為臨床藥物治療提供客觀的評價依據。現在常用的抗肝病病毒的藥物有干擾素與拉米夫定，使用干擾素或拉米夫定進行抗病毒治療，不僅療程長，且價格昂貴。治療前如能進行肝穿刺，根據肝組織炎症活動程度，有選擇性和針對性地使用抗病毒藥物，將明顯提高療效。
六、鑑別黃疸的性質和原因：醫學臨床黃疸往往難以確定病因，可做肝活檢。它能夠確定黃疸是膽紅素代謝障礙，或是肝臟細胞性黃疸，還是膽汁淤積所致，是病毒性還是藥物引起。不同的原因，預後和治療是不盡相同的，只有明確診斷，才能制定準確的診療方案。
七、能夠進行診斷性治療：在B超或CT檢查引導下，有目的性地肝穿刺，可進行肝膿腫穿刺排膿、注射藥物，無水酒精瘤內注射治療肝癌等。在進行穿刺取材、診斷的同時，還能夠進行診斷性治療，做到診斷治療兩不誤。
八、提供各型病毒性肝炎的病原學診斷：根據大多數肝炎病毒是嗜肝病毒，它們往往多在肝組織中寄生。只有血清肝病病毒達到適量時，臨床化驗才能夠檢驗得到。因此現階段仍有些病毒性肝炎，臨床化驗表明血清肝病病毒標誌物全部是陰性，難以確定其病原。但是，透過肝穿刺，用超敏感免疫組織化學和原位分子雜交技術，可檢查出寄生在肝組織中的肝炎病毒。