輸血的同時還會有一定的副反應，甚至會發生致命的危險。 發熱和過敏反應; 血型不吻合引發的溶血反應; 大量輸血或輸血速度太快引起心臟負荷過重從而發生急性心力衰竭等； 輸血可能有傳播病毒性肝炎的危險。 長期輸血,人體的應激反應造血由於依懶輸血外援而被抑制了。 再障患者長期輸血，對於肝臟，腎臟的負擔都是很大的。同時還會出現血中毒現像

第一點，輸血的副作用問題

針對再障的治療輸血可以輸注全血、成分輸血（紅細胞、白細胞、血小板懸液），輸血雖然可以帶來快速提升血細胞的治療效果，但也存在不可忽視的副作用問題，比如一些傳染源疾病，比如肝炎，痢疾、艾滋病等，傳染的機率因為血液製品的安全性提高而有所降低。除此之外，還可能發生發燒、過敏反應、心力衰竭等副作用表現。

補充：如果是輸注陳舊血液，含有血小板較少，多量輸入容易發生出血的情況。

第二點，輸血發生中毒問題

血液保養液中含有枸椽酸鈉隨著輸入量增多容易發生中毒等，多量輸血還容易使血紅蛋白中的鐵在體內貯積而發生鐵中毒。而鐵過載的情況，可導致總體再生障礙性貧血治療難度增大，影響到患者的生存質量。

最重要的是多次頻繁的輸血治療會導致再障病人本身造血衰竭的情況進一步的加重，會讓本身就不健康的造血系統變得更加“懶惰”。