天麻有性繁殖，即種子繁殖。這是防止天麻退化的主要途徑之一。天麻種子微小，無胚乳僅由原胚細胞組成。它的萌發靠小菇屬(Mycena)一類真菌菌絲侵染種胚提供營養，我們統稱促進天麻種子萌發的這類真菌為天麻種子萌發菌。

萌發菌的製作技術

①採取紫萁小菇、石斛小菇、大白栓菌等子實體，用子實體的組織或孢子分離法獲得菌種。萌發菌的孢子分離法與蜜環菌種的孢子分離法完全相同。

②用天麻種子形成的原球莖作分離材料。但從原球莖上分離獲得的菌種，一定要進行生產試驗後才能用於生產。這是因為幫助天麻種子萌發的真菌，現已知道不只是一屬或一科的幾個種類，而是多個屬、科的多個種類。而且有些種類真菌的菌絲體對促進天麻種子萌發的效果較差。所以，建議要從科研單位或正規的菌種廠家購買萌發菌母種或原種用於擴大生產。

栽培種配方

①將樹葉粉碎後配製。

②用完整的樹葉配製的。無論是用碎葉，還是整葉，均要將其放入清水中浸泡3～4小時後，撈出瀝去浮水，再撒入麩皮20％，石膏1％，蔗糖1％。拌和均勻後即可裝瓶或塑膠袋、滅菌、接種。也有用鋸木屑、棉籽殼配製萌發菌栽培種的。

發芽的一類真菌。目前研究最多、應用最廣的萌發菌為紫萁小菇（Mycenaosmundi-colaLange）。天麻播種之後，與紫萁小菇等萌發菌的菌絲接觸，萌發菌的菌絲依靠基質的營養侵入種胚，被種胚細胞消化獲得營養物質，分生細胞不斷分裂，胚體生長增大，形成原生球莖。原生球莖突破種皮而萌發，萌發後的原生球莖仍依靠萌發菌獲得營養，繼續生長，形成營繁莖。此時若不能及時與蜜環菌接觸建立營養關係，僅依靠萌發菌已不能滿足營養需要，其營繁莖較小、細長，頂端雖能形成瘦小的米麻，但冬季大部分死亡。因此，萌發菌是天麻種子萌發，進行有性繁殖不可缺少的。