關於《火影忍者》手遊裡的無差別模式可以理解為“純技術對決”，不帶入戰力（決鬥場也是如此），隨機的忍者陣容和秘卷，無通靈的設定，去除了土豪黨強大的忍者陣容、還有一些熊貓、蛞蝓之類的通靈後，就是一場比較純粹的“技術對決”。

雖然是無差別的比賽，但是如果你前期對於一些忍者不太熟悉的話，還是比較吃虧的，這方面還是忍者陣容更強大的玩家佔優，畢竟他們在決鬥場已經多次上手過大量的忍者，而平民玩家的忍者陣容就比較匱乏，可能只會熟練操作其中幾個。

開場之前會隨機生成一個忍者池，然後你儘量禁用掉一個自己不太熟練的強力忍者。

接下來就會在剩餘的忍者裡選擇自己比較熟練的忍者，先手可以首先選擇一個忍者，然後對方可以直接選擇兩個忍者，然後再次交替選擇權。

選擇完忍者後，就會開始選擇秘卷，這時候在選擇忍者陣容時的後選人員會優先選擇秘卷，然後對方可以選擇兩個秘卷，這個選擇權利跟上面選擇忍者時是相反的。

最後還會根據對方的忍者陣容選擇適合的出場順序，接下來就是正式開始戰鬥了，總的來說無差別算是在一定程度上避免了一些“不公平因素”出現，比較考驗你對每個忍者的上手程度，畢竟不會每次出現你比較熟練的忍者，總有一些冷門忍者等著你。