鴨蛋產出後容易被糞便、墊料汙染，蛋殼表面便帶有病原微生物，這些病原微生物繁殖速度很快，據測定，新生蛋的蛋殼表面細菌數為100～300個，15分鐘後為500～600個，1小時後達到4000～5000個。病原微生物透過蛋殼、殼膜上的氣孔進入蛋的內部，感染髮育中的胚胎，或在雛鴨出殼時進入雛鴨體內，從而使雛鴨發病。種蛋受到汙染不僅影響孵化率，而且還可能汙染孵化機和用具，傳染各種疾病。因此，應注意墊料的清潔衛生，及時收集種蛋，不要用水洗蛋，更不要用刷子洗刷蛋殼，否則會除去對病原微生物有一定阻礙作用的殼膠膜。蛋產出後，應立即進行消毒處理，殺滅蛋殼表面粘附著的病原微生物。常用的消毒方法有以下幾種：（1）福爾馬林（甲醛）燻蒸消毒法需用一個密封良好的消毒櫃，40%的甲醛溶液、高錳酸鉀，由於上述消毒藥具有強烈的腐蝕性，應用陶瓷或玻璃容器盛裝。將種蛋置於消毒櫃內，按每立方米空間用40%的甲醛溶液30毫升，高錳酸鉀15克倒入容器中，應先放高錳酸鉀，然後再倒甲醛溶液，關閉門窗燻蒸消毒20～30分鐘，然後開啟門窗，儘快將氣體排除。消毒時最適環境溫度為25～27℃，相對溼度為75%～80%。這種方法消毒效果好，殺菌能力強，可殺死蛋殼表面的細菌、芽胞和病毒，在孵化生產中廣泛使用。由於上述藥物具有腐蝕性，消毒時產生的氣體具有刺激性，使用時應注意防護，避免與人的面板接觸或吸入。（2）新潔爾滅消毒法取5%的新潔爾滅原液加50倍水配成0.1%的溶液，用噴霧器噴灑於蛋的表面，待藥液乾燥後即可送入蛋庫或入孵。使用新潔爾滅溶液時，切忌與肥皂、碘、高錳酸鉀和鹼等配用，以免藥液失效。（3）百毒殺噴霧消毒法百毒殺是含有溴離子的雙鏈四級胺化合物，沒有腐蝕性和毒性，對細菌、黴菌等均有消毒作用，可用50%的百毒殺3毫升加10升水配成消毒液對種蛋進行噴霧消毒。百毒殺價格便宜，使用安全、簡便。