肖恩感染病毒的主要原因是：瑞克用殺喪屍的折刀捅了肖恩，瑞克在鐵絲網前用自己的血吸引喪屍，並用折刀殺死了喪屍，並告訴肖恩：動用頭腦要比猛打猛衝省力，但是沒有清理折刀上的血漬，在之後的衝突中，用折刀捅了肖恩，雖說在研究院的時候，科學家告訴瑞克：每個人的體內都有病毒，但是瑞克的這一刀，加速了肖恩的轉化。

首先必須說下，您這是一個主題問題附加5個備註小問題；下面我們一一解答：

1、主線問題“肖恩撞樹那集沒看明白被感染了？”

其實您往下面看的話，第二季最後一集13集，瑞克和眾人從淪陷的農場逃離到馬路的時候，也就是上集殺了肖恩之後，把事情和老婆說了，兩人暫時反目，瑞克因好友的死亡和妻子的“出軌” 情緒不太穩定。 然後在馬路邊上和眾人說了一件事情： 我們都是帶菌者。也就是說，瑞克把第一季最後一集疾控防禦中心博士告訴他的秘密這個時候說了出來。 同時也引起了眾人不滿；

因此肖恩被瑞克殺死以後，因為死亡，身體變異，隔了不久變成了行屍走肉了；

2、肖恩撞樹以後為什麼和瑞克打起來？ 其實肖恩密謀已久的，瑞克也在第一季13集說了為什麼殺了肖恩的原因； 肖恩在世界變異後，帶著瑞克老婆孩子逃離， 那時候瑞克還在醫院打吊針，後來肖恩以為瑞克死了，就和兄弟的老婆發生了感情並有了孩子，第二季在農場的時候，也有一些集數提及肖恩一直找洛麗討論孩子的問題，肖恩的發瘋行為就是因為妒忌瑞克和不滿洛麗回到瑞克身邊；

撞樹是因為肖恩殺了那個男孩以後，自己撞傷回來混淆欺騙大家，然後故意說男孩逃跑了，後來故意和瑞克組隊去找人，把瑞克帶到偏僻的地方準備殺了瑞克；

3、肖恩並非因為知道自己被感染了殺了瑞克，原因請看第2點回答；直至肖恩死了，他都不知道自己死後會變成行屍走肉；

4、肖恩到底被什麼感染了？以目前劇情來說，可以考究的只有第一季博士的秘密：劇集裡面每個存在的活人都是帶有行屍病毒的帶菌者；

5、最後一個問題：你懂的；

感謝，祝你觀劇愉快；