目前登記防治根腫病的殺菌劑有效成分為氟啶胺、枯草芽孢桿菌。氟啶胺防治根腫病畝用267-333mL，兌水60公斤均勻噴於地表，而後充分混土10-15cm深，每季僅用1次。枯草芽孢桿菌可用於灌根。

油菜苗根系長包確實有兩種可能:根腫病或者根結線蟲。

雖然兩種情況表現比較相似，都是“根部長包”(病部產生腫瘤狀畸形結)，但卻是截然不同的兩種病蟲害，根腫病是真菌病害，根結線蟲是蟲害，如果不分辨清楚盲目治療，可能完全沒有效果。

根腫病與根結線蟲的辨別方法為:

1、根腫病主要危害主根，但嚴重時也可以危害側根；而根結線蟲主要危害側根，幾乎不危害主根。

2、剖開腫瘤狀畸形結，結內有乳白色的線蟲成蟲，可確定為根結線蟲無疑，如果找不到任何異常物，根腫病可能性大。

防治方面二者均為土傳病蟲害，連作地發生比較嚴重，都應該採取綜合防控措施，具體包括避免連作、種子消毒、土壤深翻、土壤暴曬、土壤消毒、清除病株、多施有機肥等措施以降低發生機率。

但如果“長包”已經發生了，只能採取一下措施了:

1、清除發病株，並在拔除後的位置撒生石灰消毒，防止擴散。

2、使用藥劑治療:根腫病使用惡黴靈或五氯硝基苯灌根，根結線蟲使用阿維菌素或者滅線靈灌根。