具體危害：擔心出現滯後效應。轉基因植物的DNA經過重組後，有可能合成出對人體有直接毒性或潛在毒性的蛋白質；但食用轉基因農作物所表達的某些蛋白質，進入消化道後，會被消化分解為氨基酸，失去原有毒性及所有危害，被人體吸收利用，不會對人體產生副作用，例如治療糖尿病的胰島素，若直接服用就會被人體消化系統分解，失去作用，因此，轉基因食物並不會透過食用危害人體健康，但可能會影響到生態系統平衡。擔心出現新的過敏原。轉基因植物合成的某些新的蛋白質，也許大多數人食用後沒事，但是具有過敏體質的人群，使用後可能會出現嚴重後果。在自然條件下存在許多過敏源。轉基因作物通常插入特定的基因片斷以表達特定的蛋白，而所表達蛋白若是已知過敏源，則有可能引起過敏人群的不良反應。例如，為增加大豆含硫氨基酸的含量，研究人員將巴西堅果中的2S清蛋白基因轉入大豆中，而2S清蛋白具有過敏性，導致原本沒有過敏性的大豆對某些人群產生過敏反應，最終該轉基因大豆被禁止商品化生產。即便表達蛋白為非已知過敏源，但只要是在轉基因作物的食用部分表達，則也需對其進行評估。目前，對轉基因食品的過敏性檢測主要是依據1996年國際食品生物技術委員會等制訂出的一套對改良食品的分析方法。擔心營養成分改變。轉基因農作物儘管只是部分DNA發生了重組，但是，有些基因足以使植物體內某些代謝途徑發生變化，這可能會導致轉基因農作物營養成分的改變。據美國倫理和毒性中心的實驗報告說，與一般大豆相比，耐除草劑的轉基因大豆中，防癌的成分異黃酮減少了。把動物蛋白基因轉入農作物，有可能侵犯宗教信仰者或素食者權益。