玄武門之變，至所以看不到秦瓊的身影，主要有以下兩方面的原因:

一、秦瓊是個厚道君子。秦瓊認為自己之所以在朝廷擁有一席之地，都是開國皇帝李淵所給予。他不能背叛自己的恩主，而為了將來的富貴去投靠新的權勢者。所以，太子建成和秦王世民，他誰也不站。

二、由於早年征戰太多，秦瓊傷痕累累，身體很不好。天下平定後，他基本宅在家裡，休養身心，不與世俗事接觸。

我們先來看看玄武門之變之前李世民的處境，這個時候李世民的處境並不好，可以說已經完全落入下風，迫不得已之下才兵行險著，在玄武門事變之前一天李世民誣告李建成李元吉與後宮有染，李淵下旨詔李建成二人次日進宮問話 由此李世民掌握李建成的行蹤。

可以說李世民並沒有十足的把握，所以有一種說法是李世民為了家人的安全將自己的心腹也是武力最高之人秦瓊留下 若失敗則秦瓊率人保護家眷離京

秦瓊也參加了玄武門之變，只是不在玄武門內，而在外圍。

李世民玄武門之變將李建成一箭穿心，尉遲恭單騎救主將李元吉一槍刺死，隨後帶刀披甲逼正在湖中划船的李淵立李世民為太子，所以功勞最大，李世民當皇帝后論功行賞，尉遲恭食封一千三百戶。這裡有個問題，就是和尉遲恭齊名戰鬥力相當的秦瓊也參加了玄武門之變，為啥食封只有七百戶，比尉遲恭整整少了六百戶。於是有人說，秦瓊看不慣李世民殺兄戮弟逼父搶弟媳婦，所以沒參加玄武門之變，其實根本不對。

《舊唐書》列了李世民伏擊李建成的十個人人員名單：長孫無忌、尉遲恭、侯君集、張公謹、劉師立、公孫武達、獨孤彥雲、杜君綽、鄭仁泰、李孟嘗。其中沒有秦瓊。十人除了長孫無忌是文臣外，其他都是勇將，張公瑾在隨後的戰鬥中憑一人之力就把玄武門城門關了。公孫武達年輕時一人一刀擊殺幾十名強盜。杜君綽後來食邑一千戶，當了禁軍統領。鄭仁泰後來成為和薛仁貴齊名的悍將，李孟嘗是李世民玄甲軍驍勇，劉師立是李世民貼身保鏢，獨孤彥雲在隨後的頡利可汗與唐對峙中不幸犧牲，他是跟隨李世民出渭橋談判護衛之一。侯君集不用詳述。這個陣容是非常科學的，包括李世民全是戰鬥人員。

但到《新唐書》裡就成了十二個人：長孫無忌、尉遲恭、房玄齡、杜如晦、宇文士及、高士廉、侯君集、程知節、秦瓊、段志玄、屈突通、張士貴。這個名單里長孫無忌、房玄齡、杜如晦、宇文士及是文臣，屈突通當時並不在長安城，高士廉在玄武門外的芳林門接應，並沒有進去。能打的只有尉遲恭、侯君集、程知節、秦瓊、段志玄，張士貴。可見這個名單是不準確的，只能說這些人參與了玄武門之變，或在現場，或幕後策劃。

秦瓊就屬於外圍接應人員。李世民身邊尉遲恭和秦瓊戰鬥指數最高，所以李世民派尉遲恭跟自己進去動手，派秦瓊帶領餘眾在外圍接應，配合作戰。因為誰都不知道進去能不能成功，如果沒得手就得出來趕緊往洛陽跑，跑不了就是死路一條，所以外圍沒人接應是不行的，比如高士廉就在芳林門接應，沒進去。因此秦瓊也是玄武門之戰功臣之一，只是他在外圍接應，沒有尉遲恭親手打死李元吉救李世民一命的功勞大，所以他的食封比尉遲恭少了整整六百戶。