由於農產品的特殊性質，其進項有憑票抵扣和核定抵扣兩種方式。此次39號公告中，對於扣除率也有了更新。下面具體說說。

1. 農產品的抵扣方式和具體規定。

一般情況：用於其他貨物服務

（1） 收到一般納稅人開具的增值稅專用發票或海關專用繳款書，按發票上的稅額抵扣；根據39號文，農產品2019年4月1日以後的稅率是9%，所以這個發票上的稅額，等於金額×9%。

（2） 從小規模納稅人購進農產品，取得3%徵收率的增值稅專用發票。從2019年4月1日，按票面金額和9%的扣除率計算抵扣進項稅。

（3） 從農業生產者手中購進農產品，按收購發票和銷售發票，註明的買價和9%扣除率計算進項稅。

特殊情況：用於生產或委託加工13%稅率的貨物

（1） 如果企業購進的農產品是用於生產和委託加工13%稅率的貨物的，在領用當期加計扣除1%的進項稅，也就等於實際扣除率是10%。

（2）如果分不清是用於其他貨物服務，還是用於13%的貨物，那加計扣除不能享受了，從小規模納稅人那裡取得的3%的專票，也只能按照3%來抵扣。

2. 具體案例。

舉個具體的例子來說明。

假設某企業向農業合作社收購農產品用於生產13%稅率的貨物，取得農產品銷售發票，金額80000元，本月全部領用。

（1） 採購時候：按照9%計算。

可以抵扣的稅額為：80000*0.09=7200元

借：原材料 72800

應交稅費-應交增值稅（進項稅額）7200

貸：應付賬款 80000

（2） 領用時：加計扣除

加計扣除農產品進項稅額=當期生產領用農產品已按票面稅率（扣除率）抵扣稅額÷票面稅率（扣除率）×1%

=7200/9%*1%=800

借：生產成本 72000

應交稅費-應交增值稅（進項稅額）800

貸: 原材料 72800

根據深化增值稅改革的相關要求，4月1日之後，一般納稅人的稅率從16%降為13%，從10%降為9%，那麼相應的農產品收購發票的抵除率也從10%改為9%。

農產品收購企業的抵扣專案還是原先的那些規定，購進農產品，

如果取得增值稅專用發票或者海關進口增值稅專用繳款書，就按照專用發票或專用繳款書註明的稅額進行抵扣。

如果是取得的是農產品收購發票或銷售發票，那麼就按照農產品收購發票或者銷售發票上註明的農產品買價和扣除率計算的進項稅額。計算公式為：

進項稅額=買價×扣除率

買價，是指納稅人購進農產品在農產品收購發票或者銷售發票上註明的價款和按照規定繳納的菸葉稅。

扣除率現在為9%了。如果是用於生產或者委託加工13%稅率貨物的農產品，可以按照10%的扣除率計算進項稅額。