大西軍的首腦張獻忠死於清軍之手，大西軍餘部以孫可望，李定國，白文選，劉文秀，艾能奇帥領，他們都是張獻忠的乾兒子，當然不能認賊作父了，降清是不可能的。

李自成死於九宮山，餘部分東西二路，也因與清軍血海深仇不肯降清，他們尋求降明與南明連手抗清，但南明湖廣巡撫何騰蛟雖接收大順軍，但處處刁難大順軍，分化瓦解大順軍，收編了戰鬥力較強郝搖旗部為忠貞營，對其餘大順軍採取不合作打擊態度，後李過，高一功部來湖南後，受了南明的排擠帥部他走継續抗清。

大西軍進入貴州休整後與聯南明聯合抗清，連續光復雲南，四川，廣西，湖南，湖北等地，勢如破竹大敗清軍，名將李定國連續擊殺清朝二個王爺，一時抗清形勢一片大好，但孫可望後來個人慾望擴張，欲控制南明皇帝與大順諸將，並帥部攻擊李定國，孫可望不得人心的舉動招到了徹底失敗後降清，被清庭封為義王，並向清庭提供了南明大西軍各種情報，為清軍轉敗為勝立下了大功，並陷以李定國為首的抗清勢力為絕境，至永曆帝亡命緬甸被俘身亡，李定國力盡病亡後，南明正規部隊抗清鬥爭全部結束。

大順軍自李自成死於九宮山後，郝搖旗，田見秀部與清軍聯軍投降，並基本達成協議，後因清庭要求剃髮易裝不為大順軍接收未達成協議，等到反清態度堅決的李過，高一功等人到來，大西軍除郝搖旗部已降何騰蛟組成忠貞營留著湖南幫何騰蛟外，其它大順軍轉戰各地抗清，後李過，高一功等將戰死後，李過之子李來享繼續領導大順軍抗清，並領導十三家義軍抗清，直至南明滅亡後仍堅持抗清十餘年，最後在清軍重兵圍攻下義軍全部犧牲，李來享全家自焚。

總之在李自成，張獻忠死後大順軍，大西軍表現出來的骨氣與戰鬥力都是不錯的，遠高於正統的南明各高官將領，也算為當初內亂贖罪了。

大順軍餘部在明亡清興之際是有過和清兵洽談，此時的大順軍已經風光不再，雖然還有十多萬兵力，但是沒有形成高度統一，而且沒有根據地，只能在南明和清軍之間的夾縫生存。

但是滿清對於收編大順軍提出一個要求，那就是剃髮易服，其他都好說。在剃髮易服這問題上大順軍覺得沒有商量的餘地，身體髮膚受之父母這個思想是深受儒家思想薰陶的漢人無法割捨的。今天人覺得剃個發換個別的民族服裝是件很簡單的事，但是我們看問題要回到當時的立場，在當時這就不是小事，這對於中原百姓那就是奇恥大辱，生死事小，受辱則大。所以在明亡清興之際中原百姓對於滿清的低抗之激烈是歷朝歷代都少有的。

也正因為如此大順軍餘部也就死了投靠滿清的心，後來在南明將領何騰蛟和堵胤錫等人的招降下，大順餘部歸順了南明政府。而大西軍餘部在四川被清兵擊敗後先後佔領貴州，然後收復被當地土司佔領的雲南，然後大西軍幾個首領孫可望和李定國等人決定歸順明朝。

事實上南明政府之所以能夠在困境中堅持十多年，我覺得這個跟大順大西軍的加入不無關係，我們都知道在對清作戰方面南明政府軍是戰鬥力很低下的，而農民軍比南明政府軍更能戰鬥而且投降變節的很少。也正是因為大順軍的十多萬人加上大西軍的十多萬人，這幾十萬人馬才撐起了南明的殘山剩水，特別是戰神李定國，可惜南明政府並不是一個團結的政府，漢人的窩裡鬥本性在危亡之際還不放下，南明最後最終滅亡

滿清要求剃髮易服，起義軍起碼還是漢人，這點當時的漢人難以接受。而且當時滿族入關還發生很多屠殺漢人事件，也不用漢人做官，還把漢人淪奴瓜分。即使是吳三桂最早也沒想過去投降滿清，直到李自成殺了吳三桂一家還奪取了他小妾，沒辦法才去投了滿清，一般人沒特殊情況不會去投這樣一個排汗的政權。