1616年，努爾哈赤建立後金，割據遼東；1618年，努爾哈赤釋出“七大恨”告天，正式發動對明朝的戰爭，但他並沒有能滅掉明朝。如果充滿憤恨的努爾哈赤滅了明朝，十三陵能否留住可能另當別論了。

1644年，清軍入關、明朝滅亡以後，基本上是清朝的一統天下了。所以，以憤恨的心理來治理天下就不行了，沒有必要做出挖墳掘墓的事。

清朝吸取元朝漢族政策的經驗教訓，形成一套較完善的漢族政策。仿照明制，設立戶、吏、禮、兵、刑、工各部，統一管理全國的民政、刑獄、軍事等。仿照明制，設立內國史院、內秘書院、內弘文院，地方設定總督、巡撫和州縣官。

學習汲取漢族文化，對傳統文化的漢文典翻譯整理和編撰，八旗子弟接受漢文化教育。提倡“滿漢一體”，對原明朝的宗室、官僚規定：“各衙門官員，俱照舊錄用”，對很多官員來說，換了朝代官位沒丟。採用“以漢治漢”的辦法，既能緩解滿漢矛盾，協調彼此關係，又利於清朝的鞏固，等等。

所以，從清朝入關後採取的一系列措施來看，清朝不會拆毀明朝十三陵。

不拆毀十三陵，能有效地緩解和消除滿漢矛盾，不引起原明朝的各級官員、知識分子、士大夫階層等對清朝更大的憤恨，透過時間延續，慢慢消除對清朝的敵意。

不拆毀十三陵，表明的是一種胸懷，一種接受漢族文化的態度，不但要承認明朝皇陵，對歷代帝王也要承認，承認他們曾經是正統的帝王，對他們的陵墓也要採取保護態度，因為清朝也要成為歷史上的一個朝代。

不拆毀十三陵，從大的方面來說，是保護歷史文化遺產，從小的方面來說，也是為清朝留下一塊歷史模板，後來清朝皇陵都按明孝陵的規制和模式營建的。

清朝沒有拆毀十三陵，還對其進行管理與保護，設定司香內使，作為各陵管理人員，設定陵戶，負責陵墓的看護。《大清律》中對各種盜毀明皇陵的行為都有嚴格的懲治措施。