分子是由原子構成的，原子就是由一個內部的帶正電的原子核和一群外面帶負電的核外電子構成，而分子是由一些原子組合在一起的，往往是透過電磁力結合的。

組成物質的基本組成就是分子和原子，也有大量的物質是由原子直接組成的。

這兩者的區別從組成上來講主要的區別在於核數，一般情況下原子為單核微粒，廣義上來講包含單核離子，而分子往往含有兩個或兩個以上的核數。不過世間萬物皆有特別的存在，對於一些特殊的物質，如稀有氣體，則原子即分子，兩者組成完全相同；如果從性質上來講，兩者的差異也是非常大的，狹義的原子往往表現本性，而分子則往往隱含了部分本性，甚至相差甚遠，比如氮原子和氮氣分子，兩者的差異可以說天差地別也不為過，不過如果從廣義的原子概念來講，這個問題就比較難於統一說明了，除此之外，稀有氣體又是那麼獨特地存在著，原子分子同性；從存在來講，就比較有意思了，古希臘哲學家透過冥想，也得出來世間萬物皆由原子組成這樣一個結論，這非常了不起，而東方古人也比較有意思，他們認為萬物由五種元素組成，但無論怎麼說，按照現在的說法，物質大多數是由分子組成的，特別是當它們以氣態的形式存在的時候，為什麼會這樣呢？主要是因為分子由於隱去了原子的部分本性，使其更容易穩定存在，所以分子才是物質最基本的組成，但是到了固態的時候，這種存在會出現一些小變化，比如有一些會以離子的形式存在，有一些會以原子的形式存在；而從物質和能量迴圈的角度來看，萬物皆無態，何為無態？就是最終皆化為能量，當然，能量也可以化為原子、分子！所以從這個角度來看，原子和分子並無區別。

作個簡單通俗解答：可以認為提問的內容是化合物與單質的區別，化合物對應分子，單質對應原子。由一種元素的原子構成的物質是純單質，如常見的金屬鐵、銅等。由二種或二種以上元素的原子構成的物質是化合物，如水由H(氫)、O(氧)化合而成，硫酸由S(硫)、H(氫)、O(氧)化合而成。這裡：化合物與混合物不是一個概念，你懂的。化合物不是由原子直接構成的，而是由分子、分子鏈構成的。有些化合物的分子是由一種元素的原子構成的。如常見氣體氧氣、氫氣等，這種結構我們應該稱它為純合物。在自然界中，以單質自然存在的物質相對比化合物要少得多，其原因是化合物更趨向穩定。所以分子與原子的區別，最終是物質的穩定存在與不穩定的消失的區別。

分子和原子都是肉眼無法直接觀察到的微觀粒子。分子是保持物質物理化學特性的最小粒子，也就是說，分子不同物質就一定不同，相同物質的分子也一定相同。原子是化學反應中的最小粒子，化學反應的過程不同原子會發生組合，但原子本身在化學反應中是保持不變的。

需要注意的是，原子是不能獨立存在的，而分子可以。一個分子是由1到N個原子組成的，原子還不是組成物質的最小粒子，它還可以被細分為質子、中子、電子，質子還能再被細分為夸克，隨著科技的進步，物質尺寸的邊界還會被不斷突破。

原子除了可以組成分子外，還可以形成離子等物質——

原子的種類是相對少的，不同的原子以不同的數量和構型組成數量極其龐大的不同的分子。打個形象的比方，原子像是磚塊，不同種類的原子就像是不同顏色的磚塊，這些不同的磚塊可以修築各種各樣不同的牆和建築。

比如，氧原子（O）可以組成氧氣分子（O2）也可以組成臭氧分子（O3），也可以和其他原子組成更多不同的分子化合物。