幹菇的貯藏：香菇烘乾後，如果不妥善貯藏，很容易反潮。特別是在雨季氣溫高、溼度大時更易引起黴變及蟲蛀。所以香菇烤乾後，要迅速分等級裝入塑膠袋中。為了防止潮氣侵入，可在塑膠袋中放入一小包無機氯化鈉，以免菇體內的糖分滲出而變色，同時防止麥蛾等產卵和孵化。為了防止香菇蛾等蟲害，也可在貯藏前用二硫化碳將貯藏室燻蒸24小時，等排除餘氣後再行貯藏。

乾燥貯存：香菇吸水性強，含水量高時容易氧化變質，也會發生黴變。因此，香菇必須乾燥後才能進行貯存。貯存容器內必須放入適量的塊狀石灰或幹木炭等吸溼劑，以防反潮。

低溫貯存： 香菇必須在低溫通風處貯存，有條件的可把裝香菇的容器密封后置於冰箱或冷庫中貯存。

避光貯存： 光線中的紅外線會使香菇升溫，紫外線會引發光化作用，從而加速香菇變質。因此，必須避免在強光下貯存香菇，同時也要避免用透光材料包裝。

密封貯存： 氧化反應是香菇質變的必經過程，如果切斷供氧則可抑制其氧化變質。可用鐵罐、陶瓷缸等可密封的容器裝貯香菇，容器應內襯食品袋。要儘量少開容器口，封口時要排出襯袋內的空氣，有條件的可用抽氧充氮袋裝貯。

單獨貯存： 香菇具有極強的吸附性，必須單獨貯存，即裝貯香菇的容器不得混裝其他物品，貯存香菇的庫房不宜混貯其他物資。另外，不得用有氣味揮發的容器或吸附有異味的容器裝貯香菇。