飛翼式佈局雖然氣動效能比較優越，能夠提供一個較高的升阻特性，但是在氣動效能卓越的背景下，飛翼式佈局在總體效能方面也有著不足之處。

第一、機體內部有效容積率不高。

相比於傳統的固定翼客機佈局方式，如波音737/777和747這樣的，圓截面機身+後掠機翼方式，機身可以提供非常大的使用空間，可以搭載乘客、貨物和燃油。如果換成了飛翼式佈局，在同樣的外部尺寸下，飛翼式佈局的內部有效容積就比傳統的要小1/3甚至1/2。

換而言之，如果要獲得和波音737一樣的有效容積，飛翼式佈局的客機體積就要比波音737大1/3或者1/2。

飛翼式佈局的特點就是要造的更大才有應用價值，這對於飛機的製造成本，以及在目前民用機場上的使用來說，都是“前一發動全全身”的變動，商業運營成本會提高不少。

第二，操控方法有別於傳統操作。

飛翼式佈局客機取消了傳統的尾翼（方向舵和升降舵），完全依賴於飛翼上的各個副翼、襟翼和開裂式阻力舵等，對於飛機的俯仰、盤旋和橫滾操作，完全是一種顛覆性的，現有的飛行員訓練體制和駕駛模式都是需要重新推倒重來，這種代價，目前的狀況之下，沒有哪一個航空公司願意第一個吃螃蟹。畢竟，現有的民航機體系就很好了。

第三，機務維修和維護也是需要改進。畢竟按目前的研究模型來看，發動機不再是吊放在機翼下方，而是安裝在飛機尾部上方，這對於地勤維護可不是一件好訊息，相比於原先的機翼下方吊掛方式而言，更為麻煩。

所以，總的來說，飛機設計是一個綜合性權衡的工程，衡量好壞不能只看其中一個方面效能的優越與否，而是需要全面而綜合的來評價。飛翼式佈局縱然氣動效能和RCS效能都不錯，但是相比於先進性，民航機更看重的是成本和效率。符合市場需求的客機，才是好飛機。

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