在神奇寶貝世界中，以組合形式出現的神奇寶貝有很多，其中也包括傳說神奇寶貝，而在這些組合中，無論是創造者、領導者、還是實力高於其他成員的神奇寶貝都會被稱為“三神之主”。

洛奇亞是火焰鳥、急凍鳥、閃電鳥的“三神之主”，曾經在劇場版中提到過它們之間的關係，洛奇亞有能力平息三神鳥的怒氣，而三神鳥則分別守護洛奇亞的三顆寶珠，由此可見洛奇亞對於三神鳥來說就是領導者。

鳳王是雷公、炎帝、水君的“三神之主”，傳說鳳王曾經將燒焦塔內死去的三隻神秘神奇寶貝復活，並賜予它們雷電、火焰和水的力量，之後這三隻神奇寶貝便聽命於鳳王，負責看管人類與神奇寶貝之間的共存關係。

裂空座與固拉多、蓋歐卡並稱為超古代神奇寶貝，但裂空座同時也是固拉多與蓋歐卡的“三神之主”，每當蓋歐卡和固拉多為爭奪自然能量而發生爭鬥時，烈空坐便會從天而降制止了它們的戰鬥，對於蓋歐卡和固拉多來說，裂空座應該就是它們的首領。

雷吉奇卡斯是冰柱、巖柱和鋼柱的“三神之主”，在神奧地區的傳說中，雷吉奇卡斯拖動大陸使大地的排列更變，當適宜生命繁衍的大地形成之後，雷吉奇卡斯便陷入沉睡，但在趁睡之前，它用岩石、冰塊和岩漿按照自己的樣子創造了出來，之後三神柱便遵循著雷吉奇卡斯的指令守護大地，在三神柱的眼裡雷吉奇卡斯不僅是創造者，更是先驅領導者。

傳說中阿爾宙斯創造了神奇寶貝世界，之後還創造了帝牙盧卡、帕路奇亞和騎拉帝納，然而騎拉帝納的兇暴成為了神奇寶貝世界的威脅，無奈阿爾宙斯將其封入混沌空間中，在此之後為了制約帝牙盧卡和帕路奇亞，它又創造了湖中的傳說神奇寶貝，因此阿爾宙斯是神話神奇寶貝與湖中傳說神奇寶貝的“三神之主”，既是創造者也是領導者。

勾帕路翁與凱路迪歐既是聖劍士的成員也同為“三神之主”，勾帕路翁是聖劍士最初的領導者，當凱路迪歐被收為徒弟後，凱路迪歐便繼承了聖劍士領導者的位置。

土地雲是三雲神的“三神之主”，它與其他三雲神的關係與烈空坐和超遠古的關係類似，雖然土地雲、雷電雲和龍捲雲同為三雲神，但三雲神之間的卻是互相敵對。龍捲雲和雷電雲是引起災禍的神奇寶貝，它們一直都是死敵的關係，除非不見面，不然就要拼個你死我活，而土地雲則會為了保證農田不被破壞而阻止它們。

酋雷姆作為道之三龍的首領自然稱得上“三神之主”，傳說初始之龍體內能量分裂後，形成了萊希拉姆和捷克羅姆這兩隻傳說神奇寶貝，之後殘餘的部分則成為酋雷姆，雖然整體能力上酋雷姆你於萊希拉姆和捷克羅姆，但是酋雷姆擁有吸收它們合為一體的能力，因此這種力量成為了壓制萊希拉姆和捷克羅姆的終極力量。

基格爾德被稱為傳說的氣場神奇寶貝之首，也就是哲爾尼亞斯與伊裴爾塔爾的“三神之主”，平時哲爾尼亞斯與伊裴爾塔爾都是陷入沉睡中的，但是當它們醒來時，基格爾德便會用自己的力量翻轉哲爾尼亞斯與伊裴爾塔爾的氣場能量，從而平息它們的“起床氣”，使它們能再次陷入沉睡。

還有很多不知道是誰管理的，惡夢，美夢，瑪菲納，夢幻，紅藍水都，謝米，基拉祈，時拉比，比克提尼，火鋼獸，水火獸，胡帕。