會的，中國古代封建社會，思維方式不同，對於天下正統很講究，真龍天子只有一個，出現南明餘孽，清廷必將派兵鎮壓，一點點的底線都沒有，不是你死 就是我亡。而異邦佔據，對於清廷來說都是可以坐下來談的，無非就是利益相關，需要捨棄一些東西罷了，所以不光光是澳門，像鴉片戰爭，甲午中日戰爭，清廷都是退讓，但是太平天國，清廷卻是勢不兩立，破釜沉舟的幹

1、歷史不容假設，已經過去的事，說啥都沒有意義。

2、中華民族以儒家文化為正統，這是中國幾千年來沒有分裂的重要原因。如果像您假設的那樣。個人認為可能會去攻打。打仗就是消耗資源。清朝有這個實力。

3、明朝與葡萄牙籤訂租借協議，每年給錢。清朝以明朝的繼承者自居。強調政權合法性。如果內部勢力佔領，也可能會攻打。

葡萄牙和清朝是貿易關係，不是你死我亡的關係。葡萄牙人只想做生意，並沒想顛覆滿清政權。南明或明鄭就不同了，是要顛覆清朝政權的。所以，清軍一定會消滅南明和明鄭，不會進攻葡萄牙。況且當時澳門主權在清朝，他們只是租借，要支付租金的。

如果南明在澳門苟延，清朝的攻打是必然的。這是肯定的答案，哪有不斬草除根的道理，有幾件事可以看出清朝韃子清剿朱明勢力的決心：一、吳三桂追到緬甸也要勒死永曆帝；二、逃到臺灣的寧靖王朱術桂，最後也被逼迫自殺；三、鳳陽淪陷後，清軍對在那裡的朱姓皇族幾乎是趕盡殺絕。

從澳門方面看來，如果不是明朝時葡萄牙人的租佔，那裡還是一個小漁村。如此資源匱乏的地方，而且是個彈丸之地，攻打十分簡單。

和鄭氏的臺灣相比，澳門沒有海峽相隔，無天險可守，物產也遠不如臺灣；和香港相比，澳門面積極小，沒有山區，沒有戰略縱深，不利於防守，而且也幾乎沒有可以利用的海島。

更重要的是，葡萄牙人在澳門是靠貿易存活，無論是飲用水還是主食和蔬菜，都需要從大陸大量運進。如果南明勢力入駐，顯然會遭到清朝的封鎖，到時彈盡糧絕，不攻自破。

綜上所述，清朝既有徹底消滅南明的決心，而且攻打澳門不需要大費周章，成本極低，沒有不打的道理。