1、生產工藝

目前，益生菌的生產工藝主要有兩種：固體表面發酵法和大罐液體發酵法。

固體表面發酵法：是把固體表面培養的菌泥與載體按比例混合經乾燥製成。此法產量低，勞動強度大，易受雜菌汙染，不適於工業化生產，但投資少。

大罐液體發酵法：其工藝流程為：菌種接種培養→種子罐培養→生產罐培養→排放培養液加入適量載體→乾燥→粉碎→過篩→質檢→益生素產品。此法適於工業化生產，便於無菌操作，但成本高。

2、加工處理技術

芽孢桿菌、乳酸菌、酵母菌等不同菌種對環境因素的耐受力不同，但其作為益生菌產品中的活性成分，效能各有特色，難以取捨。人們已研究一些保護方法，如包埋、微囊化等等，取得了令人滿意的結果。但成本增高，生產過程也複雜。

美國內布斯加大學的一項研究表明，日糧中新增油脂可在一定程度上保護酵母菌免遭制粒的破壞。隨基因工程的發展，將芽孢菌中的芽孢移植到無芽孢的乳酸菌屬上，使之變成耐高溫的菌種，或者從菌種的組合和篩選方面考慮以芽孢桿菌屬替代乳酸菌屬，便可以從根本上解決制粒過程中微生物受到破壞的問題。

目前，市應用較多、效果較好的是以芽孢桿菌為主的複合型益生菌。即使制粒過程中象乳酸菌、酵母菌等活菌大部分損失，但培養物中的乳酸、維生素B族及優質蛋白仍可與芽孢桿菌一起發揮良好的功效。所以，篩選耐受性更好，功能更強的菌株，一直是益生菌使用技術領域一重要課題