他們的區別是甲類OTC只能在具有《藥品經營許可證》配備執業藥師或藥師以上專業技術人員的社會藥店，醫療機構藥房零售的非處方藥，而乙類OTC除了社會藥店和醫療機構藥房外，還可在經過批准的普通零售商業企業零售的非處方藥，簡單的說.就是甲類的為紅色標識，乙類為綠色標識，相對來說一般甲類安全性相對於乙類要低。

另外現在農合藥物基本上大多按病種付費，這樣的話，甲類乙類按報銷說區別就不大了。

第一類甲類，可以全部進入醫保報銷範圍，按醫保比例報銷；

　　第二類乙類，用此類藥需個人先按一定的比例承擔部分費用後，剩餘部分進入醫保報銷範圍，按醫保比例報銷；

　　第三類丙類，這部分的藥是不報銷的，全部由個人承擔。

農村醫保能夠報銷甲乙類藥品。

基本醫療保險國家藥品目錄將藥品分為三類：

第一類甲類，可以全部進入醫保報銷範圍，按醫保比例報銷；

第二類乙類，用此類藥需個人先按一定的比例承擔部分費用後，剩餘部分進入醫保報銷範圍，按醫保比例報銷；

第三類丙類，這部分的藥是不報銷的，全部由個人承擔。

“甲類”藥品是臨床治療必需的，使用廣泛、療效好，同類藥品中價格較低的藥品；由國家統一制定，各地不得調整，使用“甲類藥品”所發生的費用，按基本醫療保險的規定支付。

“乙類”藥品是可供臨床治療選擇使用，療效好，同類藥品中比“甲類”藥品價格略高；“乙類藥品”由國家制定，各省、市、區根據當地經濟水平、醫療需求和用藥習慣適當進行調整，但不能超過國家制定“乙類藥品”，總數的15％ 與醫保無關的費用即所謂的丙類費用全部由現金支付。