花都區原為花縣、花都市，漢朝屬番禺縣轄，隋朝屬南海縣轄，宋代以後屬番禺、南海分轄。清康熙二十五年（公元1686年），劃出南海、番禺兩縣部分割槽域置縣。因縣城所在地處花山，取新縣名為“花”，隸屬廣州府。

民國3年（1914），花縣屬粵海道。

民國9年，由廣東省直轄。民國25年，歸省第一行政督察區。抗戰爆發後，隸西江行署。

民國32年，復歸第一行政督察區，次年改屬省政府直屬督察區。

1949年10月13日，花縣解放，屬北江專區，同年12月隸屬珠江專區。

1952年和1956年先後改屬粵北行政區和佛山專區。

1958年12月原屬廣州郊區的人和、太和、竹料、鍾落潭4個公社與花縣合併設立廣北縣，劃歸廣州市。次年3月撤銷廣北縣，把花縣劃回佛山地區。

1960年4月20日從佛山地區劃出花縣歸屬廣州市。

1993年6月18日，國務院批准撤縣設市，定名“花都市”（縣級市），由廣東省直轄，委託廣州市代管，以原花縣的行政區劃為花都市的行政區劃。同年8月1日，花都各機關單位更名並啟用新印章。

1999年8月19日，廣東省人民政府批准成立花都市花僑鎮（保留華僑農場牌子）。

2000年5月21日，國務院批准撤銷花都市，設立廣州市花都區，行政區劃不變。同年7月10日，舉行撤市設區掛牌儀式。同年12月25日，中共花都區委和花都區人民政府機關由新華鎮建設路1號遷至新都大道（今迎賓大道）的新區政府辦公大樓辦公。