原因比較多。

一、滿蒙聯姻問題

皇太極時期後宮為蒙古一後四妃掌握，還全是同姓的。所以當時有滿洲男人征伐天下，蒙古女人掌握滿洲男人的形象說法。

孝莊給順治娶侄女做皇后，此女性格暴戾，控制慾極強，順治頂著壓力廢黜降為靜妃，最後還是隻能妥協，冊靜妃侄女做繼後以維持蒙滿聯姻局面。但順治對董鄂氏非常專寵，董鄂氏是順治弟弟博穆博果爾的妻子，順治不僅有私情還逼死博穆博果爾，公開納其入宮晉為皇貴妃，冊其所生子為榮親王，預備立為繼承人。董鄂氏當然就遭到蒙古女人們的敵視，這自然也包括孝莊在內。過後榮親王與董鄂氏分別病死，是否有謀殺現在無法判斷，但順治因後宮與母親發生長期衝突是顯然之事。

二、漢化問題

順治接受不少漢族文化，執行政策上也開始傾向於漢官，1648年開始允許旗民聯姻，設定漢族尚書又逐步廢黜宗室權力，放寬逃人法，停止圈地，禁止親王郡王貝勒貝子管部權力等一系列偏向漢化的政策。可惜順治過於年輕，尚未形成執政班底就進行改革，這些舉措遭到滿蒙貴族的抵制與軟磨硬扛，孝莊作為貴族們的後臺，不斷對順治的政策進行影響與修訂，母子衝突已經非常激烈。

三、佛教影響

順治13歲親政後逐步接受佛教影響。1660年因董鄂氏死而悲痛欲絕。當年10月，接受剃度為光頭天子，預備出家。孝莊大怒，請其師父玉林和尚來要燒死為順治剃度的和尚。順治只好退讓，放棄出家才免了火刑。

喪失愛情與愛子的順治，政治上遭遇母親支援的貴族們反抗，出家也被阻止，心如死灰，與母親這個”大惡魔”的關係降至冰點。

第二年二月，順治死。孝莊做主擬定遺詔，實際是罪己詔，羅列14條罪過。顯然，這些都是孝莊以母親身份責備兒子的。