採礦和冶煉過程, 工業廢棄物, 製革廢水, 紡織廠廢水, 生活垃圾對人、畜有直接的生理毒性。用含有重金屬的水來灌溉莊稼, 可使作物受到重金屬汙染, 致使農產品有毒性。沉積在河底, 海灣, 透過水生植物進入食物鏈, 經魚類等水產品進入人體。毒害水中植物。引起魚類和其它水中生物死亡。嚴重破壞溪流, 池塘和湖泊的生態系統。降低水質, 增加淨化水的難度和成本。破壞水生生物的生態環境, 使漁業減產。汙染水產食品, 危及人的健康。

對工業汙染源，最有效的控制方法是推行清潔生產。清潔生產是指資源能源利用量最小，汙染排放量也最少的先進的生產工藝。清潔生產採用的主要技術路線有：改革原料選擇及產品設計，以無毒無害的原料和產品代替有毒有害的原料和產品；改革生產工藝，減少對原料、水及能源的消耗；採用迴圈用水系統，減少廢水排放量；回收利用廢水中的有用成分，使廢水濃度降低等。清潔生產提倡對產品進行生命週期的分析及管理，而不是隻強調末端處理。

對生活汙染源，可以透過有效措施減少其排放量。如推廣使用節水用具，提高民眾節水意識，降低用水量，從而減少生活汙水排放量。

對農業汙染源，為了有效地控制面汙染源，更必須從“防”做起。提倡農田的科學施肥和農藥的合理使用，可以大大減少農田中殘留的化肥和農藥，進而減少農田徑流中所含氮、磷和農藥的量。

惡意破壞長江生態環境，一旦涉嫌犯罪必將受到法律嚴懲，希望每個人都能夠自覺愛護、保護長江生態環境。