實踐中，法院要根據不同的情形處理無效施工合同：

一、施工合同訂立後尚未履行前被確認無效

建設工程施工合同在尚未履行前被確認無效的，雙方當事人均不能再繼續履行。若一方因準備履行合同有損失，則按照雙方導致合同無效的過錯程度進行賠償。

二、建設工程施工合同所約定的工程已經開工但尚未完工時被確認無效

一是應當立即停止履行。二是若已完工程質量驗收合格，發包人應參照無效合同與承包人結算並付款；若已完工程質量驗收不合格且無法修復，則承包人應該予以拆除，並向發包人返還已付工程款。 三是有過錯的一方應當賠償對方在準備簽訂、簽訂合同、履行合同支出的費用，包括直接費用和間接費用；雙方都有過錯的，按過錯大小各自承擔相應賠償責任。

三、施工合同已經履行完畢後被確認無效

首先，建設工程竣工驗收合格的，發包人應該參照合同約定與承包人結算並支付工程款。其次，建設工程竣工驗收不合格但修復後合格的，發包人應該參照合同約定與承包人結算並支付工程款。最後，建設工程竣工驗收不合格且修復後仍不合格的，發包人不支付承包人工程款，承包人應予以拆除並返還以收到的工程款；同時按照各自過錯大小分擔包括簽訂、履行合同和合同被確認無效後的後續費用，如拆除質量不合格的建築物的費用、工程延期費用、材料費等。

造成建設工程施工合同無效，絕大部分是因為存在轉包、掛靠或者違法分包的情形。

拋開陰陽合同不談，建設工程施工合同無效的，並不影響“爭議條款”和“結算條款”的效力，按約定的結算條款進行結算即可。

合同中沒有結算條款的，依照各省（市）公佈的工程造價定額，結合工程造價資訊結算。