微生物無處不在，水、空氣、土壤、甚至極端條件的大氣層外太空有有他們的影子，可以說自然界沒有微生物細菌是不完美的！

土壤中的微生物細菌可以分為厭氧和好氧，他們是自然界物質迴圈極其重要的一環，他們分解土壤中的各種生物體有機物殘體，共同把有機物分解成氮氧化物、水、二氧化碳和礦物鹽，以便讓植物根系重新利用再次合成新的有機物，如此迴圈不止。

厭氧菌在土壤中可以把大分子的有機物分解成更小小分子來獲取能量生存，為好氧菌進一步徹底分解有機物做準備，厭氧菌好比人類的門牙主要是切斷食物，而好氧菌則是大牙徹底磨碎食物。農村“漚肥堆肥”就是利用厭氧菌這一點。

好氧菌在土壤的作用就是進一步釋放土壤有機的各種植物可以利用的元素，所以農村“漚肥堆肥”後還要翻曬就是先厭氧發酵，再翻曬好氧發酵，如此反覆才能腐熟有機肥。所以土壤中厭氧好氧是不能分家的，和諧共生才能圓滿。

總之，在土壤中厭氧菌好氧菌是一對好兄弟，它們共同起到活化土壤，解磷固氮，刺激植物根系生長有不可取代的重要作用。

顧名思義，厭氧性細菌就是指能在無氧環境下比有氧環境生長更好的細菌，而好氧性細菌則和它相反。

好氧性細菌在分解生物糞便的的作用:當生物糞便進入土壤中是，不管是尿還是糞都會經過腐敗菌的發酵，代謝成氨類組織，這就是為什麼尿在儲存幾天後為什麼刺激性氣味的原因。

如果能將好氧性細菌與厭氧性細菌合理的調節好質量比，並使用合適的菌種和配比，製成土壤新增劑，新增進土壤中，可以是土壤變的疏鬆、柔軟。同時可以協調好空氣和土壤中水水份的比例關係。

二者主要區別是：

需氧菌生存需要氧氣，厭氧菌生存和代謝不依賴氧氣；

需氧菌可以在富氧環境中繁衍生息，而厭氧菌在有氧環境中可能會死亡。

在缺氧的機體環境，厭氧菌具有生長優勢，有時會發展成為病原體。

除了是否需要氧氣，細菌對氧氣的利用方式也存在差異。