基因測序只是只知道基因的鹼基序列，即ATCG的排列順序，這些鹼基順序類似於天書，不進行註釋拼接是沒有任何意義的。在測完基因序列之後，通常要與同源蛋白基因進行比對,針對長片段的序列，可能還需要先進行拼接才能進一步確認這個基因編碼的是什麼蛋白質。透過同源蛋白的確認，推測出這個基因的功能。另外，在表觀遺傳學興起和發展的今天，基因解碼不僅僅要知道基因編碼什麼蛋白，更重要的是需要知道基因的表觀修飾，如DNA甲基化，RNA甲基化和其他鹼基修飾，5，3，端修飾等，內含子功能等。這些對於基因本身的表達調控非常重要，但是直接測序是不能獲得的，還需要進一步深入的實驗研究。

首先來說說這兩個概念有什麼不同：

人體或其他生物體內的基因資訊是由A，G，C，T四個鹼基組成的。這些鹼基的排列順序決定人體組成物質的結構與功能。不同人體中這些物質的排列順序是特定的，但是互不相同。獲得這些序列的過程，叫做基因測序。基因解碼：則是將這些序列同組成物質的種類、結構、功能以及其所表現出來的特性結合起來，才能稱之為為某個基因進行了解碼。基因解碼技術的核心是探索個人的基因資訊並進行解讀，在人們剛出生時就能告知培養髮展方向、健康風險等，撰寫生命的說明書等等。基因資訊解讀將更精準地改善人們的生活。

透過概念的不同，得知基因測序只是得到了基因的DNA序列後續我們需要對基因編碼的蛋白質等進行一系列的分析，這才是基因解碼所要得到的結果而不僅僅是隻是基因測序就能夠完成的。所以說基因測序只是基因解碼的部分費用。