他強調科學的目的在於造福人類,使人成為自然界的主人和統治者.他反對經院哲學和神學,提出懷疑一切的“系統懷疑的方法”.但他還提出了“我思故我在”的原則,強調不能懷疑以思維為其屬性法國郵票上的笛卡兒的獨立的精神實體的存在,並論證以廣延為其屬性的獨立物質實體的存在.他認為上述兩實體都是有限實體,把它們並列起來,這說明了在形而上學或本體論上,他是典型的二元論者.笛卡兒還企圖證明無限實體,即上帝的存在.他認為上帝是有限實體的創造者和終極的原因.笛卡兒的認識論基本上是唯心主義的.他主張唯理論,把幾何學的推理方法和演繹法應用於哲學上,認為清晰明白的概念就是真理,提出“天賦觀念”.笛卡爾的自然哲學觀同亞里士多德的學說是完全對立的.他認為,所有物質的東西,都是為同一機械規律所支配的機器,甚至人體也是如此.同時他又認為,除了機械的世界外,還有一個精神世界存在,這種二元論的觀點後來成了歐洲人的根本思想方法.最著名的思想就是“我思故我在”.意思是：“當我懷疑一切事物的存在時,我卻不用懷疑我本身的思想,因為此時我唯一可以確定的事就是我自己思想的存在”.這句被笛卡兒當作自己的哲學體系的出發點的名言,在過去的東歐和現在的中國學界都被認為是極端主觀唯心主義的總代表,而遭到嚴厲的批判.很多人甚至以“存在必先於意識”、“沒有肉體便不能有思想”等為論據,認為笛卡兒是“本末倒置”、“荒唐可笑”.笛卡爾的懷疑不是對某些具體事物、具體原理的懷疑,而是對人類、對世界、對上帝的絕對的懷疑.從這個絕對的懷疑,笛卡兒要引匯出不容置疑的哲學的原則！