接種後的各級菌種，都應放在適宜其生長的條件下進行培養。

靈芝母種一般在恆溫箱中25℃條件下培養。一般5天左右菌絲長滿培養基，即可轉接原種。原種和生產種數量較大，接種後立即放入培養室的培養架上。靈芝菌種培養條件：主要應對溫度、溼度、光線和空氣進行調節，一般靈芝菌絲體生長階段都不需要光線，而培養基在拌料裝瓶（袋）時已有一定的水分，故菌絲體培養階段主要應控制好溫度和通氣條件。（1）溫度控制 溫度影響菌絲生長速度、菌絲對培養基分解能力的強弱、菌絲分泌酶的活性高低和菌絲生長的強壯程度。在靈芝菌種生產過程中，培養溫度太高會造成菌種早衰，太低會導致菌絲生長緩慢，而延長生產週期，因此，調節保持適宜的溫度是一項重要的工作。靈芝在25℃左右條件下最適宜生長。（2）通氣條件 一般靈芝是好氣性真菌，培養時應注意通風透氣。除裝瓶（袋）時不宜過滿，上部留出一定的空間有利生長外，在菌種培養室內要有適當的通風窗，或有排風扇等機械裝置進行通風。但通風和保溫往往有矛盾，尤其是冬季寒冷季節，通風會降低培養室溫度，為了能保持室內有一定的通氣量，培養架不宜過擠，菌種瓶（袋）擺放疏鬆些，同時可利用中午溫度較高時刻，適當通氣，以利靈芝菌種生長。（3）溼度調節 菌種培養是在固定容器內生長菌絲體，只要培養基水分適宜，培養室的溼度就很容易調控。主要依據自然條件，防止溼度大雜菌滋生。可在室內定期撒石灰吸潮，加強通風除溼。在培養後期，若溼度不夠時，可在培養室內噴水增大溼度。（4）光線的調控 一般靈芝在菌絲體生長階段，不需要光照，需要有遮光裝置，如將門窗掛上簾子。總之，培養室內溫、溼、氣、光諸條件，彼此是聯絡的。例如，室外氣溫和溼度均低於室內，採取通風換氣便會降低室溫和相對溼度；若室外氣溫高於室內，通風排溼又會升高室溫。因此，溫、溼、氣、光需要綜合考慮，妥善調節，使其適宜靈芝菌種的生長髮育。