內鏡和活檢都是為了診斷疾病，只有診斷正確才知道需不需要治，以及怎麼治，治療效果預測的問題。目前普遍認為最準確的診斷是病理診斷，也就是把病變切片，染色，放在顯微鏡下觀察。

要拿到做病理診斷的標本，常用兩種方法，一個是做手術切下來，另外一個就是活檢。活檢的好處是不破壞人體組織，取下來的一小塊基本可以完全再生或代償。內鏡檢查中尤為常見。

胃黏膜活檢一般是在胃鏡檢查過程中如果發現有潰瘍病、隆起性等病變時進一步活檢檢查，可以瞭解其性質及病情進展情況。 為了提高活檢的陽性率，正確選擇活檢的部位就顯得尤為重要了，活檢時，部分患者除了有抽拉感及延長一些檢查時間外，一般不會增加患者的痛苦。活檢引起的出血或穿孔的情況非常少見，懷疑有血管性疾病或凝血機制障礙者，謹慎活檢或禁止活檢。 內鏡活檢最好由有經驗的醫生進行操作，這樣可選擇活檢部位更加準確，也可以減少痛苦。

胃鏡活檢的情況要根據胃鏡底下看到的實際病變情況來定，一般胃鏡活檢的話，對於那些懷疑有胃上病變的問題，或者懷疑有幽門螺旋桿菌感染的這種情況下，需要取活檢組織來做診斷，一般胃鏡活檢的病檢會有兩三天出這個結果，最常見的當然是慢性萎縮性胃炎或者非萎縮性胃炎，這種情況的話，我們要結合幽門螺旋桿菌的情況來判斷是否需要進一步的治療，但是如果鏡下看到不除外惡性，但是胃鏡病檢又沒有發現惡性這種情況的話，需要重複取檢來明確診斷，不能漏檢。