二者根本區別是在種子的胚中發育二片子葉還是發育一片子葉，二片的稱為雙子葉植物，一片的稱為單子葉植物。

同時，二者可以從根、莖、葉、花進行區分。

根：

雙子葉植物的根系，基本上是直系，主根發達；

單子葉植物的根系基本上是須根系，主根不發達。

莖：雙子葉植物莖內的纖維管束，在橫切面上常排列成圓環狀，有形成層和次生組織；

單子葉植物莖內的纖維管束，為星散排列，無形成層和次生組織，只有初生組織。

葉：

雙子葉植物葉脈為網狀脈；

單子葉植物葉脈為平行脈。

花：

雙子葉植物的萼片、花瓣基數通常是5或者4，沒有3基數，即不是3或者3的倍數，花萼和花冠的形狀多數完全不同。

單子葉植物的花為兩性或者單性，花中的萼片、花瓣的數目通常是3片，或者是3片的倍數。花萼和花冠較相似。

生活中常見的雙子葉植物比如大豆、花生等；單子葉植物如小麥、水稻、玉米、蘭花等。

如圖：前者雙子葉，後者單子葉。

兩者都有表皮，葉肉和葉脈，但也有區別： 1.單子葉植物的葉脈為平行葉脈，所含纖維束中不含形成層。 雙子葉植物葉脈為網狀脈序，在維管束中有時有活動時為短暫而微弱的形成層。 2.單子葉植物葉的表皮組成較複雜，各組分排列有序，在葉尖常有排水器。 雙子葉植物葉的表皮一般由單層細胞組成，有的在葉緣具有排水器。 3.單子葉植物葉為等面葉，葉面中的光合組織均由一種細胞構成。 雙子葉植物葉一般是異面葉，由於葉片背，腹面壽光情況不同，葉肉分化為近腹面的柵欄組織 和近背面的海綿組織。