水產動物生活在水環境中，其體內微生物組成除了受自身機體內在因素的影響，還易隨著來自外界環境與食物中的微生物入侵而發生改變。為了有效地對水產動物疾病的進行防治，可以採用外界新增益生菌的手段實現改善水產動物生存的環境，平衡體內的微生物群落的組成，增強水產動物對病原菌的抵抗能力，提高養殖成功率的目的。
在水產養殖過程中，益生菌常作為生長促進劑、免疫促進劑、治療劑、水質改良劑進行實際應用，根據菌種不同來區分，常用的益生菌有芽孢桿菌、乳酸菌、EM菌、蛭弧菌、硝化細菌、光合細菌等。
芽孢桿菌，是一種可形成芽孢的好氧革蘭氏陽性菌，具有耐酸、耐鹽、耐高溫、快速復活和可分泌多種能降解有機物的酶類（蛋白酶、澱粉酶、脂肪酶）等特點，不僅能有效抑制宿主腸道有害病菌生長，提高機體抗病能力，還可能直接利用水體中的硝酸鹽和亞硝酸鹽，分解池底有機物，降低養殖水體富營養化程度，最佳化水體環境。常見的有枯草芽孢桿菌、地衣芽孢桿菌、短小芽孢桿菌等。
使用注意事項：
（1）芽孢桿菌是好氧性細菌，應在晴天使用，潑灑時必須開啟增氧機，增加溶氧，使其在水體繁殖迅速形成種群優勢；
（2）芽孢桿菌製劑多為粉狀產品，以休眠孢子的形式存在，使用前必須打氧活化3-4小時進行活化、增殖，提高芽孢桿菌的使用效率。
EM菌為一種混合菌，一般包括光合菌、酵母菌、乳酸菌等等有益菌類。
EM菌原液滲入水體後，其群體作用能殺死或抑制病原微生物和有害物質，調整養殖生態環境，增加水中溶氧量（氧氣），促進養殖生態系中的正常菌群和有益藻類活化生長，保持養殖水體的生態平衡；拌入餌料投餵，直接增強魚類的吸收功能和防病抗逆能力，促進健壯生長。EM菌原液中的光合菌還能利用水中的硫化氫、有機酸、氨及氨基酸兼有反硝化作用中去除水中的亞硝酸銨，因而能使養殖池中的排洩物和殘餌汙染得到淨化，改善水質，減少魚病。
用注意事項：
① 要使EM菌原液在水產養殖上取得明顯成效，應連續配套使用。即在用EM菌原液製作各種飼餵料的同時，按要求用EM菌原液稀釋液潑灑水體。
② 不能與各種抗生素和殺菌劑等藥物同時混用（非用不可時，應間隔4－6天時間），尤其是特種水產養殖，如果混用，不僅不能發揮EM菌原液的有效功能，而且會造成池水變臭，出現這種情況，要立即換水，再按技術要求用EM菌原液飼料投餵和稀釋液噴灑。
水產動物生活在水環境中，其體內微生物組成除了受自身機體內在因素的影響，還易隨著來自外界環境與食物中的微生物入侵而發生改變。為了有效地對水產動物疾病的進行防治，可以採用外界新增益生菌的手段實現改善水產動物生存的環境，平衡體內的微生物群落的組成，增強水產動物對病原菌的抵抗能力，提高養殖成功率的目的。
在水產養殖過程中，益生菌常作為生長促進劑、免疫促進劑、治療劑、水質改良劑進行實際應用，根據菌種不同來區分，常用的益生菌有芽孢桿菌、乳酸菌、EM菌、蛭弧菌、硝化細菌、光合細菌等。
芽孢桿菌，是一種可形成芽孢的好氧革蘭氏陽性菌，具有耐酸、耐鹽、耐高溫、快速復活和可分泌多種能降解有機物的酶類（蛋白酶、澱粉酶、脂肪酶）等特點，不僅能有效抑制宿主腸道有害病菌生長，提高機體抗病能力，還可能直接利用水體中的硝酸鹽和亞硝酸鹽，分解池底有機物，降低養殖水體富營養化程度，最佳化水體環境。常見的有枯草芽孢桿菌、地衣芽孢桿菌、短小芽孢桿菌等。
使用注意事項：
（1）芽孢桿菌是好氧性細菌，應在晴天使用，潑灑時必須開啟增氧機，增加溶氧，使其在水體繁殖迅速形成種群優勢；
（2）芽孢桿菌製劑多為粉狀產品，以休眠孢子的形式存在，使用前必須打氧活化3-4小時進行活化、增殖，提高芽孢桿菌的使用效率。
EM菌為一種混合菌，一般包括光合菌、酵母菌、乳酸菌等等有益菌類。
EM菌原液滲入水體後，其群體作用能殺死或抑制病原微生物和有害物質，調整養殖生態環境，增加水中溶氧量（氧氣），促進養殖生態系中的正常菌群和有益藻類活化生長，保持養殖水體的生態平衡；拌入餌料投餵，直接增強魚類的吸收功能和防病抗逆能力，促進健壯生長。EM菌原液中的光合菌還能利用水中的硫化氫、有機酸、氨及氨基酸兼有反硝化作用中去除水中的亞硝酸銨，因而能使養殖池中的排洩物和殘餌汙染得到淨化，改善水質，減少魚病。
用注意事項：
① 要使EM菌原液在水產養殖上取得明顯成效，應連續配套使用。即在用EM菌原液製作各種飼餵料的同時，按要求用EM菌原液稀釋液潑灑水體。
② 不能與各種抗生素和殺菌劑等藥物同時混用（非用不可時，應間隔4－6天時間），尤其是特種水產養殖，如果混用，不僅不能發揮EM菌原液的有效功能，而且會造成池水變臭，出現這種情況，要立即換水，再按技術要求用EM菌原液飼料投餵和稀釋液噴灑。