日本確實存在過忍者，而且與武士不同，大部分忍者都是窮苦的沒有姓氏的民眾，有姓氏的忍者實在非常稀少。忍者的主要任務是探聽情報、暗殺、保鏢、破壞等工作。

忍者的所謂遁術，大部分是簡單的障眼法，比如土遁就是挖地道或者事先挖個坑藏身，火遁是縱火與製造煙霧脫身，水遁就是叼個蘆葦杆潛水等等。當然攀爬、道具偽裝、服飾偽裝、簡單易容也都是基本功，並不神奇，只要下功夫、肯吃苦，普通人都能做到。

忍者的武功以暗器、老虎爪、短刀為主。據說日本忍術武功也分上、中、下三等。

下等武功主要是配合藏身進行突襲，講究一招不中立即逃走。

中等武術陰狠毒辣、不擇手段，與日本劍道形成鮮明對比，講究實用，而略顯卑劣，甚至不惜同歸於盡。

上等武術以小太刀乃至武士刀為主，是忍族有身份的忍者練習，這些人大部分是落魄武士出身，甚至有家傳武術。他們將日本劍道等傳統武術與忍者武功結合自成一派，可以和日本劍道武術家公開比武一決高下，也能如武士般征戰沙場。

忍者鼎盛期在戰國時期，以伊賀、甲賀、風魔等族聞名，隨著德川幕府的建立、亂世的結束，忍族開始步入下坡路。

也有一個傳說，因為忍族對戰國機密瞭解太多，被德川幕府警惕。所以幕府強令各忍族，將忍族武功彙集上交幕府，否則以大不敬滅族。殘餘忍族長老深知這是陰謀，所以將忍族中、下武功上交，將上等武功交給少數孩子們拿去逃命。

幕府得到上交的書籍，不及核對，便藉口忍族欺騙幕府，派遣大軍剿滅忍族。日本武士在常年征戰中與忍族仇怨很深，且素來瞧不起以“賤民”為主的忍族，以殘忍手段進行大屠殺，忍族除了那幾個深藏民間的孩子，全部遇難。

幕府以所交忍術之書另外訓練出一批幕府專用忍者，便是後來日本歷史上有名的“京都密探”。

如果此傳說是真，當今日本真正的忍者傳人，不是當初那幾個孩子的後代，就是“京都密探”的傳人。