朱元璋建國後立長子朱標為太子，但朱標早逝，朱元璋便改封長孫朱允炆為皇太孫，讓其在自己百年之後，繼承皇位。

此安排引起朱元璋的四兒子、燕王朱棣強烈不滿，朱元璋自己也十分清楚論文武才華，治國理政朱棣都要強朱允炆百倍，但為了維護自己確定下來的皇長子繼承製度，堅決不改。

公元1398年朱元璋駕崩，21歲的皇長孫朱允炆繼位，史稱建文帝。傳說朱元璋臨死之前交給自己的貼身太監一個密匣，稱如皇太孫有難就開啟此匣子。

建文帝重用黃子澄、方孝孺等文人，進行政治改革，進行削藩，手握重兵，覬覦帝位的燕王朱棣以清君側名義發動"靖難之役"攻破南京城。建文帝下令火燒皇宮後不知所蹤。

朱棣遍尋建文帝未果，太監向朱棣報告說建文帝被逼無奈之下，跳入火中自焚，並指認火堆裡找出一具屍體為建文帝。朱棣假惺惺的痛哭一番，以皇帝禮將其厚葬，但在正史的文獻中，卻沒有任何有關建文帝陵寢的記載，這也是明朝16位皇帝在十三陵只有13位皇帝的陵墓原因。

燕王朱棣圍城之後，為防被俘受辱，建文帝決定自盡殉國。突然有一個太監將太祖留下匣子送給建文帝，建文帝開啟一看，裡面裝有三套袈裟，三張度牒，一把剃刀。匣中密信上面寫道"應文從鬼門出，餘從水關御溝而行，薄暮，會於神樂觀之西房"。

建文帝按照密匣的指示剃髮做了和尚，從鬼門逃出宮後到貴州的一個寺廟當了和尚。

建文帝從南京城逃出之後，輾轉來到泉州，流落到海外， 1403年，朱棣派鄭和先後7次下西洋做，順便查訪建文帝的跡。但沒有半點建文帝的音信。