消毒櫃主流的消毒方式有臭氧、紫外線、紅外線高溫、高溫蒸汽及組合式消毒等方式。 高溫消毒是採用120℃左右的溫度加熱15分鐘左右，運用高溫使病菌病毒在內的微生物機體蛋白組織變形，從而達到殺菌消毒的效果，殺滅率99%以上，但由於溫度過高，所以只適用於陶瓷等耐高溫材質的餐具，像寶寶的奶嘴這種橡膠質地的就不可消毒。臭氧消毒是利用淡藍色的臭氧氣體，進入病菌細胞內部破壞它的組織結構與氧化酶，從而達到殺菌目的，一般的自然殺菌率高達90%以上，對於腸道傳染病菌殺滅率高達99%，還有除異味的作用，對於各種不耐高溫的餐具也是適用的。紫外線消毒是紫外線燈管工作時產生一種可見藍光和另一種不可見光，兩種不同波長的射線在消毒櫃蒸汽放電，照射在餐具的細菌病毒上，可引起它們的細胞裂變，致其死亡。通常，紫外線不單獨用於消毒櫃中，一般是配合臭氧，雙管齊下，可殺死絕大部分病菌和病毒，達到更徹底的殺菌消毒效果。而且，根據消毒效果的不同，消毒櫃還分一星級和二星級。一星級的消毒櫃能殺死大腸桿菌等具有代表性的菌種；二星級的消毒櫃除了能消滅大腸桿菌外，還能消滅一些脊髓灰質炎病毒，比如肝炎病毒、感冒病毒等等，這一等級的消毒櫃也是建議大家選購的。消毒後，也可以將餐具直接存放在消毒櫃內，不會有外界汙染的後顧之憂，需要時直接拿取餐具使用即可。