其對眼部的作用主要是治療虹膜睫狀體炎，可以鬆弛虹膜瞳孔括約肌及睫狀肌（即擴瞳），使之得以充分休息，有助於炎症消退。還可以與縮瞳藥交替使用，以預防虹膜與晶狀體的粘連。還可以用於驗光以及眼底檢查。

成人驗光，由於生理特徵不需要使用阿托品散瞳藥，因此可以省去散瞳到恢復的時間。而兒童驗光時仍然需要使用阿托品，這是因為兒童的睫狀肌調節功能較強，需用阿托品發揮其充分的調節麻痺作用，固定晶狀體的位置，方可準確測定晶狀體的屈光度，避免因用眼疲勞而導致的假性近視誤診現象。

如兒童因用眼疲勞而患上假性近視者，或者是由於虹膜睫狀體炎而導致視物模糊的情況。但是對於常見的真性近視，則沒有明顯的改善狀況。所以，阿托品對於治療近視這個方面，並沒有很好的效果。而且，阿托品的作用時間持續較長，一般擴瞳作用可維持1-2周，調節麻痺作用也要維持2-3天，使得視力恢復較慢，會影響正常的用眼活動。因此用阿托品治療真性近視這個說法是不科學的。

除此之外，阿托品的副作用也是不容輕視。阿托品的對組織器官的選擇性不高，對於除眼部外的其他M-受體亦有影響。臨床上應用其中一種作用時，其他的作用皆為副作用。除阿托品會抑制唾液腺、汗腺的分泌，從而導致口乾舌燥、少汗體熱、面板潮紅外，還會作用於胃腸平滑肌，若是用藥者並無胃腸平滑肌痙攣的症狀，用此藥物可能會導致胃腸蠕動減弱至正常以下，從而導致便秘。更有甚者，若是用藥者有重症肌無力，則不宜使用阿托品，否則會導致症狀進一步加重。

阿托品藥物同時可致眼壓升高，所以青光眼患者禁用，否則會使病情進一步惡化，造成不良後果。而前列腺肥大者也屬於禁用人群，因為這會使得他們排尿困難。

阿托品的另一個弱點就是對劑量的把握要求很高，否則可能會出現不同的作用效果，也可能會與治療初衷背道而馳。比如，對於心動過緩的患者，過低劑量的阿托品會致使其心動進一步過緩，加重症狀；而劑量過大則會引起心率加快、增加心肌耗氧量而加重其心肌梗死，並可引起室顫。對於缺血性心臟病患者，也應慎用此藥物。對於阿托品抗休克的用途，不適用於休克伴有高熱或者心率過快者。

阿托品引起的一般不良反應於停藥後可逐漸消失，一般無須特殊處理。但若是有特殊不良反應或是中毒，則需要送去醫院對症治療。

低濃度阿托品用來延緩近視已經在新加坡用了20多年。經過大量資料跟蹤顯示，0.01%濃度低阿托品對近視控制效果很好且副作用輕微。目前中國已有多家頂級眼科醫院使用低阿來控制近視。如上海五官科醫院