新農合跨年可以報銷，一般住院3個月內的能報銷，一年內第二次住院有最低起付線。　　起付線的扣除方法各地可能有所區別，但大部分省市縣都是這樣規定的：同一年度，同一病種，在同一個醫療機構二次住院，起付線第二次降低一半。當然可能有人會那我第三次住院是不是在第二次住院的基礎上再降低一半，那是不可能的，本年度第二次、第三次住院均在第一次的基礎上降低一半。　　如要在所住醫療機構因條件有限，醫生建議到上級醫療機構進行轉診住院的，上級醫療機構住院不再扣除起付線，當然有的地區可能不一樣，比如只執行了第一項，沒有執行第二項。鄉級起付線一般在100—200元。　　新農合跨年報銷流程(以青海為例)：　　新農合報銷範圍和方式如下：　　符合青海省基本醫療保險藥品目錄和青海省新農合診療專案目錄的門診、住院醫藥費用納入新農合報銷範圍。下列醫藥費用不納入新農合報銷範圍：　　(一) 應當從工傷保險基金中支付的;　　(二) 應當由第三人負擔的;　　(三)應當由公共衛生承擔的;　　(四)境外就醫的。　　醫藥費用依法應當由第三人負擔的，第三人不支付或者無法確定第三人的，由新農合基金先行支付。新農合基金支付後，有權向第三人追償。　　農牧區各類意外傷害，如山體滑坡、火災、雪災、水災等不可抗拒的自然災害當中受傷人員的醫藥費用納入報銷範圍，如另有報銷規定的按有關規定執行。有責任方的意外傷害醫藥費用由責任方承擔，不納入報銷範圍。　　農牧民參加新農合後居住地發生變化的，醫藥費用在參合地報銷。參合農牧民轉為城鎮戶籍後參加城鎮居民醫保的，享受當年新農合待遇直到保障年度期滿。　　在治療期間補償標準發生調整的，門診費用的報銷按照發生費用時的標準執行，住院費用的報銷按照出院時的標準執行。　　救助物件等享受特殊報銷的參合農牧民，按照發生費用時的身份屬性執行相應的報銷標準。　　住院醫藥費用報銷計算方法。　　(一)每例住院患者醫藥總費用中首先剔除自費藥品和自費診療專案費用，再減去起付費用，即為報銷基數，報銷基數再乘以相應定點醫療機構報銷比例，即為新農合實際報銷額。　　(二)21類重特大疾病住院醫藥費用，經首次常規報銷後，剩餘醫藥費用(含住院起付費用和自費費用)從重特大疾病醫療保障基金中給予二次補助，常規首次報銷和二次補助合計，即為新農合實際報銷額。　　(三)21類重特大疾病以外的其他大病住院醫藥費用經首次常規報銷後，剩餘醫藥費用(不含住院起付費用和自費費用)仍在3000元以上的，從重特大疾病醫療保障基金中給予二次補助，常規首次報銷和二次補助合計，即為新農合實際報銷額。