明清之季是中國文化大一統時期，也是中醫文化煥發異彩之時。自漢張仲景自南陽創傷寒六經辨證以來，積清季吳塘開溫病學說，首創理、法、方藥以成體系，方使傷寒與溫病的千年爭論得歇，而此舉如開幽室之窗，啟未明之路！

而中醫針術在清道光朝因“坦胸露背”及有傷“風雅”叫停後，針道淪亡肇其始也。

故明清中醫文化雖然開創了術專術精的專科，而針術之沒落積弊至今日方凋，足見文化之於哲學同理，揚此而抑彼也！

明清時期，中醫學理論不斷創新、綜合、匯通和完善，朝著專門化方向發展，其間編撰了許多專門性、獨特性和權威性的醫學全書、叢書和類書。

明代李時珍著《本草綱目》，載藥1892種，系本草學、生物學鉅著。詼書的問世促進了國內外對本草學、生物學的研究，對世界一些著名生物學、藥物學家有較大影響，被譽為“東方醫藥巨典”。張景嶽晚年結合畢生的臨證經驗和獨到精湛的理論，著成《景嶽全書》，豐富和發展了陰陽學說、藏象學說等，對後世醫學的發展產生了較大影響。陳司成著《黴瘡秘錄》，專論梅毒，詳述了梅毒的傳染途徑，提出了徹底治療等原則，首創用減毒無機砷劑治療梅毒的方法，並重視預防和防止復發。吳又可著《溫疫論》，首論“戾氣”為瘟疫病因，並將戾氣侵人途徑分為“白天受”(空氣傳染)和“傳染受” (接觸傳染)，實開傳染病學之先河。趙獻可特別強調命門之火的重要生理作用，編著《醫貫》，提出“命門學說”，認為命門為人身之主，治病主張以保養命門之火為要義。李中梓提出了“腎為先天之本，脾為後天之本”的理論，發展了臟腑學說。明代對天花的認識和人痘接種術的發展，是明代醫學的突出創新，它啟迪英國琴納而發明牛痘接種術，開創了免疫學的新紀元，為“人工免疫”預防接種的發明開闢了

道路。

清代，溫病學說迅速發展，湧現出許多著名的溫病學家，葉天士、薛生白、吳鞠通、王士雄榮稱“溫病四大家”。溫病學派的創始人葉天士在總結《黃帝內經》’《難經》 《傷寒論》《溫疫論》等學術成就和前人臨床實踐經驗的基礎上，著成《溫熱論》，闡明瞭“溫邪上受，首先犯肺，逆傳心包”的溫熱病發生髮展規律，創立了“衛氣營血辨證”。吳鞠通在繼承葉天士理論的基礎上參古博今，結合臨證經驗，撰成《溫病條辨》，創立了“三焦辨證”，進一步總結並發展了溫病學說。薛生白所著《溼熱條辨》和王士雄所著《溫熱經緯》，對溫病學說的發展均有所發揮和發明。另外，清代王清任特別重視解剖，編著《醫林改錯》，改正了古書在人體解剖方面的錯誤，同時發展了瘀血致病理論，並創立了一系列活血化瘀的方劑。

明代外科陳實功，對中醫外科的發展達到了一定高峰，傅青主的婦科，清代醫家發明溫病學，溫疫論，王清任瘀血學說，是繼金元四大家以後的重大發明。

隨著社會，生活的演變人們的直觀漸漸的佔據了主導，把一些客觀的東西忘了。所以這時期的中醫也漸漸的走向直觀偏重於方藥而逐漸走向脫離自然有機規律。