個人認為，是由於正朔所在的原因。

漢傳於魏，魏傳於晉，永嘉之亂後，晉就從北方轉移到南方，也就是後人所稱的東晉，但是以當時人來說，沒有所謂的西晉、東晉，都是晉。

而南朝是繼承於東晉，東晉不滅，北朝就只是割據一方的地方政權。

北朝歷史是從拓跋珪重建代國，自稱代王，（後改國號魏）而這個代王曾經就是晉朝對於其祖上的賜予的爵位。

而只要東晉仍然存在，就依然是中華大地上唯一的合法政府。所以南北朝的存在是以南朝的開始時間為準。

隋唐源於北朝，所以把北朝也封為正朔，但是東晉滅亡之前，正朔所在是毫無疑問的。

我不知道何以發出這樣的提問，不過還是可以說說的。

第一，東晉南朝疆域較為穩定，建國時間明確，有明確的傳承，便於記載。

第二，如果以傳統而言，東晉南朝為晉代衣冠南渡的正統。

答案當然不是這樣。

以南、北哪一朝的紀年為基準，反映的自然是古代王朝的正統性問題。至少在司馬光修《資治通鑑》以前，唐及宋初修史時都是以北朝紀年為正，以南朝的宋、齊、梁、陳為閏位。

唐朝初年官方修史時，雖然將北魏、北齊、北周、隨、宋、齊、梁、陳等諸朝歷史統稱為“八代正史”，看似遵奉南、北朝共為正統，但實際上唐朝仍以北為尊。最好的證據莫過於武德元年（618），唐高祖李淵遵奉前朝後裔為二王、三恪時，冊立北周、隋子孫為二王后，這是明確承認北朝正統性的標誌；天寶七年（748），唐玄宗又進一步追尊“後魏孝文十代孫元伯明為南韓公，以備三恪”，完成三恪之禮，這意味著唐朝又將北周的正統性追溯到北魏。以北為正的意識，也反映在唐及宋初的歷史書寫中。李延壽在編纂《南史》、《北史》時，就透過各種筆法，暗暗尊《北史》為正。何德章教授的《〈南〉、〈北〉史之正統觀》一文曾指出，《南史》中宋、齊、梁、陳的諸帝紀必系北魏、周、隋年號，例如，“《南史》 於永初元年末，書‘是歲魏明元皇帝太常五年’”等等，這些情況都說明唐朝時並不存在“以南朝存在的時間為準”的情況。事實恰好相反。

北宋初年，王欽若等人編纂的類書《冊府元龜》，分帝王﹑閏位﹑僭偽﹑列國君等諸部，明確以三皇五帝、夏、商、周、漢、魏、晉、北魏、北周、隋、唐為帝王世系，將秦、蜀漢、吳、宋、齊、梁、陳入閏位。至於李昉等人編纂的《太平御覽》，則以晉、北魏、北周入皇王部，以宋、齊、梁、陳入偏霸部。

總而言之，自隋、唐至北宋初年，尊北抑南是一個長期存在的傳統，南、北朝的正統性是在北朝而不在南朝。直到司馬光修成《資治通鑑》後，這種隋唐以來流傳下來的觀念才逐漸式微。