抗甲狀腺藥一般沒有嚴重的不良反應，少數患者服用可能產生如下不良反應。
（1）一般反應：包括厭食、嘔吐、腹痛、腹瀉等胃腸道反應，還有關節疼痛、發熱等。個別表現轉氨酶升高，嚴重者有中毒性肝炎。
（2）過敏反應：面板瘙癢、蕁麻疹、藥物熱等過敏反應發生率為1%～5%，減藥後繼續服藥或（和）加服抗過敏藥物，多數能緩解和耐受，個別嚴重者表現為藥物引起的剝脫性皮炎，此時應立即停藥。
（3）白細胞減少：常發生在用藥1～3個月，當然，其他時候也可能發生。所以，在治療階段每2周左右檢查一次血白細胞計數和分類，如果出現白細胞或中性粒細胞總數明顯下降的情況，應停藥觀察，並採取措施將白細胞升上去，平時可以用維生素B、升白胺、利血生等升白細胞藥物預防。如果患者的中性粒細胞低於1.0×10/升，要立即搶救。
（4）藥物性甲減：在抗甲狀腺藥物治療的過程中，由於減藥不及時，一些患者會出現一過性藥物性甲減，表現為甲狀腺腫大、手足浮腫、怕冷等症狀，及時減藥或同時加服甲狀腺片可以避免藥物性甲減，不需停藥。藥物性甲減是暫時的，減藥或停藥後，藥物性甲減可以緩解，但也有極少數患者出現永久性甲減，即使停藥也不能緩解甲減，這些患者可能實際上為慢性甲狀腺炎致甲亢，即使不進行抗甲狀腺藥物治療也會出現甲減，永久性甲減並非為抗甲狀腺藥物本身引起。
（5）精神問題：如服用碳酸鋰會導致患者精神抑鬱。此外，疾病長期難愈對於患者來說也是一種較大的心理負擔，若不注意紓解，容易導致焦慮、煩躁等精神方面的問題。
對於這些情況，患者有時難以察覺，從而貽誤病情。所以，定期複診的其中一個重要意義也在於此——早期發現，就能早期處理，也就能更順利地完成治療。
抗甲狀腺藥一般沒有嚴重的不良反應，少數患者服用可能產生如下不良反應。
（1）一般反應：包括厭食、嘔吐、腹痛、腹瀉等胃腸道反應，還有關節疼痛、發熱等。個別表現轉氨酶升高，嚴重者有中毒性肝炎。
（2）過敏反應：面板瘙癢、蕁麻疹、藥物熱等過敏反應發生率為1%～5%，減藥後繼續服藥或（和）加服抗過敏藥物，多數能緩解和耐受，個別嚴重者表現為藥物引起的剝脫性皮炎，此時應立即停藥。
（3）白細胞減少：常發生在用藥1～3個月，當然，其他時候也可能發生。所以，在治療階段每2周左右檢查一次血白細胞計數和分類，如果出現白細胞或中性粒細胞總數明顯下降的情況，應停藥觀察，並採取措施將白細胞升上去，平時可以用維生素B、升白胺、利血生等升白細胞藥物預防。如果患者的中性粒細胞低於1.0×10/升，要立即搶救。
（4）藥物性甲減：在抗甲狀腺藥物治療的過程中，由於減藥不及時，一些患者會出現一過性藥物性甲減，表現為甲狀腺腫大、手足浮腫、怕冷等症狀，及時減藥或同時加服甲狀腺片可以避免藥物性甲減，不需停藥。藥物性甲減是暫時的，減藥或停藥後，藥物性甲減可以緩解，但也有極少數患者出現永久性甲減，即使停藥也不能緩解甲減，這些患者可能實際上為慢性甲狀腺炎致甲亢，即使不進行抗甲狀腺藥物治療也會出現甲減，永久性甲減並非為抗甲狀腺藥物本身引起。
（5）精神問題：如服用碳酸鋰會導致患者精神抑鬱。此外，疾病長期難愈對於患者來說也是一種較大的心理負擔，若不注意紓解，容易導致焦慮、煩躁等精神方面的問題。
對於這些情況，患者有時難以察覺，從而貽誤病情。所以，定期複診的其中一個重要意義也在於此——早期發現，就能早期處理，也就能更順利地完成治療。