黃瓜基本上是退化型腋生單性花，偶爾也出現兩性花。每朵花分化初期均有萼片、花冠、蜜腺、雌雄蕊、初生突起。但在形成萼片與花冠之後，有的雌蕊退化，形成雄花，有的雄蕊退化，形成雌花；雄花常腋生、多花，雌花腋生、單花或多花；也有的雌雄蕊都有所發育，形成不同程度的兩性花。黃瓜的花萼與花冠均為鍾狀、五裂，其大小因品種不同而異。花萼綠色有刺毛，花冠黃色。雄花有雄蕊5枚，其中4枚兩兩連生，另有一枚單生，雄蕊合抱在花柱的周圍，組成三組並聯成筒狀，花葯側裂散出花粉。雌花子房下位，3室，側膜胎座，柱頭較短，三裂。

黃瓜有雌花、雄花和兩性花三種類型。按黃瓜植株上花的性別表現，主要分為下列8種性型：

①純雌株：在主蔓和子蔓上僅生雌花。

②強雌株：植株上除雌花外，還有少量雄花。

④雌雄全同株：主蔓上先有一段雄花節，其後是一段雄花、完全花、雌花相間，再後以是雌花為主。能自行受精結果。

⑤雌雄同株：是最常見的型別，主蔓上先有一段雄花節，其後一段雌花、雄花相間著生，有時後期有一段雌花。一般雄花數多於雌花。

⑥完全株：主蔓最初幾節是雄花或兩性花，其後為連續兩性花，側枝上只有兩性花，每一兩性花節的第二朵以後的花也可能是雄花，有時還有雄花和兩性花之間的過渡型花。能自行受精結果。

⑦雄全同株：最初幾節是雄花，繼以一段完全花（或雌花）和雄花相間著生，其後都是完全花。它的第一完全花的節位通常較高於雌雄株的第一雌花節位，而且常在同一節內有完全花和雄花。因而也能自行受精結果。

就其一個品系而言，可能有一種或一種以上的性型株，故而分為雌雄同株系（雌、雄花均有，且雄多雌少），是最為常見的型別。雌性系（通常包含全部為純雌株的純雌系和全部或大部分為強雌株小部分為純雌株的強雌株系）。雌全異株系（部分植株為純雌株或強雌株，部分植株為純全株或雌全同株）。完全花自交系通常又稱“二性系”。雄全異株系（部分植株為純雌株或雌雄同株，部分植株為純全株或雄全同株）。

黃瓜生產中的大部分品種都是雌雄同株型，但也有些保護地品種是雌性系型別，即全株的花都是雌花。亦有少數品種屬於復雌花型，即數朵雌花簇生於單個節位。黃瓜品種的雌花節率分佈在0%～100%之間。不同品種雌花節率的穩定性不同，這主要取決於品種性型分化對溫度和光照的敏感性。

黃瓜為蟲媒花，品種間自然雜交率為53%～76%。因此在黃瓜留種時，為避免不同品種間雜交，保證品種純度，隔離距離應大於1500m。如果不能達到這一要求，就必須增加一些設施，以防止昆蟲傳粉。

黃瓜主蔓上出現第一雌花的節位因品種不同差異很大，在同等條件下，有的品種在第1～2節位就開始出現雌花，有的在25節位之上著生第一雌花，少數則只生雄花。雌花出現的節位高低可以作為熟性鑑別的一個重要標誌。